SAXSdb — 9nhe

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nhe
沉积日期 deposition_date	2025-02-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(49-nt)-Maelstrom complex
关键词 keywords	SIWI, GTSF1, Maelstrom, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.60 Å
零角强度 I(0) i0	275516000.00
分子量 molecular_weight	125600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154120 Å³
包络体积 envelope_volume	208290 Å³
水化壳体积 shell_volume	51604 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.90 Å
包络 Rg envelope_rg	32.09 Å
形状 Rg shape_rg	32.63 Å
总 Rg total_rg	33.17 Å
总原子数 total_atoms	8778
残基数 n_residues	1016
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	275500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	56040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Piwi-like protein Siwi
分子量 formula_weight	101484.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8778

MSEPRGRGRARGRAGRGGDGGGPAPRRPGEQAGPSQQSMPPGPRPQPPSGWGPQSSVPPVRAGVPTPTAQAGRASHRVTPTTHEHPGDIDVQQRMQKLELGPHSSGGGDASSVVGRGSRRGGGRVLPETISILRTRPEAVTSKKGTSGTPLDLLANYFTVETTPKWGLYQYHVDISPEEDSTGVRKALMRVHSKTLGGYLFDGTVLYTVNRLHPDPMELYSDRKTDNERMRILIKLTCEVSPGDYHYIQIFNIIIRKCFNLLKLQLMGRDYFDPEAKIDIPEFKLQIWPGYKTTINQYEDRLLLVTEIAHKVLRMDTVLQMLSEYAATKGNNYKKIFLEDVVGKIVMTDYNKRTYRVDDVAWNVSPKSTFKMRDENITYIEYYYKKYNLRIQDPGQPLLISRSKPREIRAGLPELIYLVPELCRQTGLSDEMRANFKLMRSLDVHTKIGPDKRIEKLNNFNRRFTSTPEVVEELATWSLKLSKELVKIKGRQLPPENIIQANNVKYPAGDTTEGWTRDMRSKHLLAIAQLNSWVVITPERQRRDTESFIDLIIKTGGGVGFRMRSPDLVVIRHDGPIEYANMCEEVIARKNPALILCVLARNYADRYEAIKKKCTVDRAVPTQVVCARNMSSKSAMSIATKVAIQINCKLGGSPWTVDIPLPSLMVVGYDVCHDTRSKEKSFGAFVATLDKQMTQYYSIVNAHTSGEELSSHMGFNIASAVKKFREKNGTYPARIFIYRDGVGDGQIPYVHSHEVAEIKKKLAEIYAGVEIKLAFIIVSKRINTRIFVQRGRSGENPRPGTVIDDVVTLPERYDFYLVSQNVREGTIAPTSYNVIEDTTGLNPDRIQRLTYKLTHLYFNCSSQVRVPSVCQYAHKLAFLAANSLHNQPHYSLNETLYFL

来源 Source

来源生物 organism	Bombyx mori
通用名 common_name	domestic silkworm
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7091
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	piRNA
分子量 formula_weight	8111.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGAUA

Entity 3 polymer

描述 description	target RNA (49-nt)
分子量 formula_weight	15603.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAAAAAAUAUCAAACACCAUUGUCACACUCCAAAAAAAACCCCAAAACC

Entity 4 polymer

描述 description	Maelstrom
分子量 formula_weight	49900.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MPKKKTPQNPFFFFMMDYRKEQAEIGIKYANTKELAEAAGPVWQNLRPTLKAKYEEKAKNEKEKNKQTGTKFTSTGIPIKVIEQQQREMKNAEDNEKKDIQNIVKLKVFDQSIKTEDFYVIDVNSYCKANGDYLIGEFTVTQFSLQDGVKNSYHETIIPSCVPVGYMFDVKLGAEEFGLEMPGTDDAGPNYIQILANIIDYLKQKDRTVQVLPPMFTLPEKVDAVQNFISQMCNCATEDDSLFRIYKLDTFFFTLINAISSHHDEGFPKESLALTQLTKDLFDYTPGIACERHESLDRSNVCTTSRVKRWVFTILDRCCPLLGIPLQPGKHLPFDYDINGILIFKEERKTRAAPSVPRTATASSNSSFINDSLNESFQSLNVTGETAASGSAPGRRVHKPLRMPRTDYSQRIQQAPELTEANFPTLTGHGRGRGLTRSNN

来源 Source

来源生物 organism	Bombyx mori
通用名 common_name	domestic silkworm
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7091
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	158398

fit	/app/data/saxs_computation/nh/9nhe/9nhe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nh/9nhe/9nhe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nh/9nhe/9nhe.dat

Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(49-nt)-Maelstrom complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)