9nhn

BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb V1V2V3-2 isolated from animal RUu18 at week 14

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 139.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nhn
沉积日期 deposition_date	2025-02-24
结构标题 title	BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb V1V2V3-2 isolated from animal RUu18 at week 14
关键词 keywords	HIV-1, polyclonal, cryoEMPEM, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.67 Å
零角强度 I(0) i0	724722000.00
分子量 molecular_weight	214900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	266000 Å³
包络体积 envelope_volume	386620 Å³
水化壳体积 shell_volume	72896 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.3 Å
壳层 Rg shell_rg	49.99 Å
包络 Rg envelope_rg	42.16 Å
形状 Rg shape_rg	42.71 Å
总 Rg total_rg	42.87 Å
总原子数 total_atoms	15064
残基数 n_residues	1880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	724900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.116
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	71590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.857

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	RUu-V1V2V3-2 pAb heavy chain
分子量 formula_weight	10724.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	15064

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXXXXXXXXXXXXWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXXXXXXXXXXXXXXXXXWXXXXXXXXXX

Entity 2 polymer

描述 description	RUu-V1V2V3-2 pAb light chain
分子量 formula_weight	8812.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXXXXXXXXWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCXXXXXXXXXFXXXXXXXX

Entity 3 polymer

描述 description	BG505-CH505 Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	56228.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,E

MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSQEIHARFRRGARAENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHCCVPTDPNPQEIVLENVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTNATASNSSIIEGMKNCSFNITTELRDKREKKNALFYKLDIVQLDGNSSQYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFTGTGPCNNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEGEIIIRSENITDNGKTILVHLNESVKIECTRPNNKTRTSIRIGPGQAFYATGQVIGDIREAYCNISESTWNETLGKVVKQLRKHFPHKNITFQPSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQEVGRAMYAPPIQGNITCVSNITGLILTRDGGKNNTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTACKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	BG505-CH505 Transmembrane protein gp41
分子量 formula_weight	17165.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,F

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPECQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICTTNVPWNSTWSNKTLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNETDNLTCD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	47

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	87728

fit	/app/data/saxs_computation/nh/9nhn/9nhn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nh/9nhn/9nhn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nh/9nhn/9nhn.dat

BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb V1V2V3-2 isolated from animal RUu18 at week 14

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)