9nht

;Crystal structure of structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a protein-protein interaction inhibitor KM-5-35 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nht
沉积日期 deposition_date	2025-02-25
结构标题 title	;Crystal structure of structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a protein-protein interaction inhibitor KM-5-35 ;
关键词 keywords	biofilms, electron transport, iron storage, iron binding, iron mobilization, protein-protein interaction inhibitor, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.68 Å
零角强度 I(0) i0	1487970000.00
分子量 molecular_weight	213410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	206760 Å³
包络体积 envelope_volume	418300 Å³
水化壳体积 shell_volume	76413 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.1 Å
壳层 Rg shell_rg	52.74 Å
包络 Rg envelope_rg	42.06 Å
形状 Rg shape_rg	44.67 Å
总 Rg total_rg	44.96 Å
总原子数 total_atoms	16056
残基数 n_residues	1872
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.2 Å
Rg (实空间) rg_real	44.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1489000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8394
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.818
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Ferroxidase
分子量 formula_weight	18580.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	17313

MKGDKKVIQHLNKILGNELIAINQYFLHSRMWNDWGLKRLGAHEYHESIDEMKHADKLIERILFLEGLPNLQDLGKLLIGENTQEMLQCDLNLELKATKDLREAIVHCEQVHDYVSRDLLKDILESEEEHIDYLETQLGLIQKVGLENYLQSHMHEDD

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-{[(5-bromo-2-hydroxyphenyl)methyl]amino}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1134

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	129.970 Å
晶胞边长 b length_b	194.956 Å
晶胞边长 c length_c	203.565 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	24.130 Å
R 因子 r_factor	0.1589
R_work r_work	0.1575
R_free r_free	0.1847

fit	/app/data/saxs_computation/nh/9nht/9nht.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nh/9nht/9nht.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nh/9nht/9nht.dat