9njl

MARV GP in complex with MARV16 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 137.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9njl
沉积日期 deposition_date	2025-02-27
结构标题 title	MARV GP in complex with MARV16 Fab
关键词 keywords	Glycoprotein, Antibody, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.67 Å
零角强度 I(0) i0	376239000.00
分子量 molecular_weight	159400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	199590 Å³
包络体积 envelope_volume	265500 Å³
水化壳体积 shell_volume	54735 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.29 Å
包络 Rg envelope_rg	42.49 Å
形状 Rg shape_rg	42.66 Å
总 Rg total_rg	42.78 Å
总原子数 total_atoms	11253
残基数 n_residues	1455
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	376200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9028
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.713
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.881

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	MARV16 Heavy Chain
分子量 formula_weight	23921.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J
原子数 atom_count	11307

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYTMNWVRQAPGKGLEWVSSISSSESYIYYVDSVQGRFTISRDNAKNSLYLQLNSLRAEDTAVYYCVRRDNWNYDTLDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	MARV16 Light Chain
分子量 formula_weight	23236.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N,P

DIVMTQSPSSLSASVGDRVIITCRASQSISTYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSESGTDFTLTISGLQPEDFATYYCLQSYDAPLTFGGGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein GP1
分子量 formula_weight	29689.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E

MKTTCFLISLILIQGTKNLPILEIASNNQPQNVDSVCSGTLQKTEDVHLMGFTLSGQKVADSPLEASKRWAFRTGVPPKNVEYTEGEEAKTCYNISVTDPSGKSLLLDPPTNIRDYPKCKTIHHIQGQNPHAQGIALHLWGAFFLYDRIASTTMYRGKVFTEGNIAAMIVNKTVHKMIFSRQGQGYRHMNLTSTNKYWTSSNGTQTNDTGCFGALQEYNSTKNQTCAPSKIPPPLPTARPEIKLTSTPTDATKLNTQHLVYFRRKR

来源 Source

来源生物 organism	Orthomarburgvirus marburgense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3052505
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein GP2
分子量 formula_weight	23433.0 kDa
突变 mutation	W439A, F445G, F447N, H589I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

SILAREGDMGPNLDGLINAPIDFDPVPNTKTIFDESSSSGASAEEDQHASPNISLTLSYFPNINENTAYSGENENDCDAELRIWSVQEDDLAAGLSWIPFFGPGIEGLYTAVLIKNQNNLVCRLRRLANQTAKSLELLLRVTTEERTFSLINRIAIDFLLTRWGGTCKVLGPDCCIGIEDLSKNISEQIDQIKKDEQKEGTGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Orthomarburgvirus marburgense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3052505
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	54

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	368509

fit	/app/data/saxs_computation/nj/9njl/9njl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nj/9njl/9njl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nj/9njl/9njl.dat

MARV GP in complex with MARV16 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)