9njy

Terminal two domains of ClfA002 with bound Fab of AZD7745

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9njy
沉积日期 deposition_date	2025-02-28
结构标题 title	Terminal two domains of ClfA002 with bound Fab of AZD7745
关键词 keywords	Staphylococcus Aureus, virulence factors, monoclonal antibody, prophylactic treatment, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.10 Å
零角强度 I(0) i0	100293000.00
分子量 molecular_weight	80157.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100060 Å³
包络体积 envelope_volume	133830 Å³
水化壳体积 shell_volume	31902 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.33 Å
包络 Rg envelope_rg	41.74 Å
形状 Rg shape_rg	41.04 Å
总 Rg total_rg	41.14 Å
总原子数 total_atoms	5653
残基数 n_residues	739
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6695
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.767
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.047
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8044000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.341; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.159; Smooth: 0.517

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Clumping factor A
分子量 formula_weight	33143.5 kDa
突变 mutation	none
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6044

AGTDITNQLTDVKVTIDSGTTVYPHQAGYVKLNYGFSVPNSAVKGDTFKITVPKELNLNGVTSTAKVPPIMAGDQVLANGVIDSDGNVIYTFTDYVDNKENVTANITMPAYIDPENVTKTGNVTLTTGIGTNTASKTVLIDYEKYGQFHNLSIKGTIDQIDKTNNTYRQTIYVNPSGDNVVLPALTGNLIPNTKSNALIDAKNTDIKVYRVDNANDLSESYYVNPSDFEDVTNQVRISFPNANQYKVEFPTDDDQITTPYIVVVNGHIDPASTGDLALRSTFYGYDSNFIWRSMSWDNEVAF

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	Human antibody, heavy chain fragment, antigen binding
分子量 formula_weight	23898.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSINNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPSLKSRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTALYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Mammalia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40674
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Human antibody, light chain, antigen binding
分子量 formula_weight	23269.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSITSYLNWYQQKPGKAPKLLIYASSSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATFYCQESYSTPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mammalia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40674
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	364

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.582 Å
晶胞边长 b length_b	66.164 Å
晶胞边长 c length_c	107.875 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	25.001 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/nj/9njy/9njy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nj/9njy/9njy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nj/9njy/9njy.dat

Terminal two domains of ClfA002 with bound Fab of AZD7745

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)