SAXSdb — 9nk8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nk8
沉积日期 deposition_date	2025-02-28
结构标题 title	Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
关键词 keywords	beta-barrel, sorting and assembly machinery, MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex; MEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.01 Å
零角强度 I(0) i0	228631000.00
分子量 molecular_weight	128030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162860 Å³
包络体积 envelope_volume	227010 Å³
水化壳体积 shell_volume	50420 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.30 Å
包络 Rg envelope_rg	37.49 Å
形状 Rg shape_rg	37.99 Å
总 Rg total_rg	38.44 Å
总原子数 total_atoms	9064
残基数 n_residues	1148
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	228600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8698
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.311
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.842

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Sam35
分子量 formula_weight	36882.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9064

MSASIPSAAPSWRKMQIPRPLQRLFDYFPLRIYEPNELPERSQQLTSGDLPTLYVFSTDSDARLGLPSFNPGCLKWQTLLRLANLDFRILPSTNHSSPTGSLPFLLPPRTSPTASPAPIPASGLLSFARKNPWRPGKAADLDLGHLDADLPPRAQAYLALITHSLRNAWLCALYLDPTHDALLRRLYVDPASSSRAVRAALLHQLRRAAAEQVATASSGGGKIVSLAPVDSADGIDEEAVYRSARDALDALASLLRESETAWFFGTERPGSFDAALFSYTHLMVEYMSEEEDTESAKGRVSLGRMVKEAGNGELAEHRERMLGVAWPEWDGYRR

来源 Source

来源生物 organism	Thermothelomyces thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78579
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae W303

Entity 2 polymer

描述 description	Sam50
分子量 formula_weight	53468.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSASSLGFGGSNAVDKVNATTTPGTVATPNSGPTKMLDEHILTPASISTLEVHGATNTRRSLLDQIFKPVLEDTAAAGTTLGQVLDRVGAATKKLARFDIFKEEGFGVFLSEAAPPQSAPPTDRTDLDISIRVKEKSRLVFSAGTDFGNAEGSAYTNAVVRNIFGGAETLTVNASTGTRTRSAYNATFSTPINGNPDLRLSVEALRSATQKPWASHEEHLTGANLRLAWLTEKGDTHALAYSSVWRQLTGLAPTASPTVRADAGDSLKSSLTHTFTRDRRDNPMLPQSGYLFRSVSELAGWGPLNGDVSFAKTEVEASGALPVAIPGLAGKSGVSVGGGLRLGVLYPLPLGYSLTGAAQPSRINDRFQLGGPNDVRGFKIGGLGPHDGVDAVGGDVFAAGSVNALLPLPRTGPDSPLRLQLYANAGRLVALNSKGTDKEGKEGLAMDSAAVFKGVKSAVGKLTNGIPSLAAGVGLVYAHPVARFELNFSLPLVLRRGEEGRKGLQVGVGISFL

来源 Source

来源生物 organism	Thermothelomyces thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78579
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae W303

Entity 3 polymer

描述 description	Sam37
分子量 formula_weight	49327.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGGAVQLHVWGPAFGLPSIDAECLAAIAYLAQTLGSADYQLIQSSPSAVPTQHLPTLYDSRTSTWIGGFTSITAHLHTHPPPTFQSAPQPTDGSSSTTTTTTTTTTAASATADGTAYTAFLSAHAAPLLALSLYVSSANYGAATRPAYSAVLPLPLPWTEPPAVRAAMARRAAHLGLSSLDADAAAERARAEERRAAADGWVAVPPHATAGRAAGGGGGGGGGGGKGGGVAAVLTPEQKSRIRLEEAAREVLDVLAEVDWAAGGGGRQVAAEVRCLAFGYLALMLLPDVPRPWLREIMEGRYPALCTFVRDFRARVFPQGGKLLPWADGGAQASASASASASAVALRFVRAVMAEVPLVGEWWSRWWTARKKREVLASKGAKPAPSNDLLLLLGAGLGLTVVGAGVFFYRGLPPFGEAVQVWRKPVVGLSSFGAAGAMFSGALYGLD

来源 Source

来源生物 organism	Thermothelomyces thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78579
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae W303

Entity 4 polymer

描述 description	darobactin A
分子量 formula_weight	971.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

WNXSKSF

Entity 5 non-polymer

描述 description	ERGOSTEROL
分子量 formula_weight	396.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	163391

fit	/app/data/saxs_computation/nk/9nk8/9nk8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nk/9nk8/9nk8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nk/9nk8/9nk8.dat

Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)