9nlg

;CBASS Pseudomonas syringae Cap5 tetramer with 3'2'-c-GAMP cyclic dinucleotide ligand (His56Ala mutant without Mg2+ ions) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nlg
沉积日期 deposition_date	2025-03-03
最后修订 last_revision	2025-06-18
结构标题 title	;CBASS Pseudomonas syringae Cap5 tetramer with 3'2'-c-GAMP cyclic dinucleotide ligand (His56Ala mutant without Mg2+ ions) ;
关键词 keywords	Bacterial immunity, CBASS, cyclic dinucleotide, Cap5 effector DNA endonuclease, viral defense, DNA, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.98 Å
零角强度 I(0) i0	427088000.00
分子量 molecular_weight	163100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	202320 Å³
包络体积 envelope_volume	250580 Å³
水化壳体积 shell_volume	58946 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.53 Å
包络 Rg envelope_rg	33.89 Å
形状 Rg shape_rg	34.00 Å
总 Rg total_rg	34.46 Å
总原子数 total_atoms	22675
残基数 n_residues	1456
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	427100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8983
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.100
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.502
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	111000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	HNH endonuclease
分子量 formula_weight	42702.2 kDa
突变 mutation	H56A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24293

MAEKEDAKPASGRFNTNDETKRIVWTQTAGHCELCGTDLTFDYRAGKPMKWGEVAAILPASPKGPRGRADHDAEAHTNDTANLMLLCPGCHDKIDRDADGYPENDLSGLHQAYLERIRLAATTPDGGRAIPLIVQSQHFQTINDIPVRDLLTAMSAEGLTAFDQGIKIAFAAPGPRGRDTTYWQNVKDSVQYELEQQLKRRGGTYGDSPALAVVGLADIPALMMLGQSIGDRSKRLIFSFHREHLLRWPDQSAEPPSFLFTPPPNGDGPLALVLSISAQVPVRDVTDALPGARIAELSIPEPSYAMVQNRRVIHAFRDALQIRLSQLEALTPDPIHVFAAIPAALAIEFGALLTTQHQHTYLIFDRDKENQDRFTQTLQLGPVAQEAM

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas syringae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	317
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	3'2'-cGAMP
分子量 formula_weight	674.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1500

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.564 Å
晶胞边长 b length_b	77.833 Å
晶胞边长 c length_c	80.989 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	63.40 °
晶胞夹角 β angle_beta	80.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.17 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.640 Å
最低分辨率 resolution_low	45.870 Å
R 因子 r_factor	0.1572
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.1806

fit	/app/data/saxs_computation/nl/9nlg/9nlg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nl/9nlg/9nlg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nl/9nlg/9nlg.dat

;CBASS Pseudomonas syringae Cap5 tetramer with 3'2'-c-GAMP cyclic dinucleotide ligand (His56Ala mutant without Mg2+ ions) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction