9nlo

Escherichia coli Signal Peptidase I Delta 2-76 P84A in complex with lipopeptide inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nlo
沉积日期 deposition_date	2025-03-03
结构标题 title	Escherichia coli Signal Peptidase I Delta 2-76 P84A in complex with lipopeptide inhibitor
关键词 keywords	Signal Peptidase, Membrane Protein, Serine-Lysine catalytic Dyad, Inhibitor complex, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.76 Å
零角强度 I(0) i0	41259200.00
分子量 molecular_weight	51010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64243 Å³
包络体积 envelope_volume	78719 Å³
水化壳体积 shell_volume	26112 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.18 Å
包络 Rg envelope_rg	26.05 Å
形状 Rg shape_rg	25.73 Å
总 Rg total_rg	26.58 Å
总原子数 total_atoms	3601
残基数 n_residues	460
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8137
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.155
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.737; Smooth: 0.929

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Signal peptidase I
分子量 formula_weight	27940.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.89
突变 mutation	P84A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3726

MVRSFIYEAFQIPSGSMMPTLLIGDFILVEKFAYGIKDPIYQKTLIETGHPKRGDIVVFKYPEDPKLDYIKRAVGLPGDKVTYDPVSKELTIQPGCSSGQACENALPVTYSNVEPSDFVQTFSRRNGGEATSGFFEVPKNETKENGIRLSERKETLGDVTHRILTVPIAQDQVGMYYQQPGQQLATWIVPPGQYFMMGDNRDNSADSRYWGFVPEANLVGRATAIWMSFDKQEGEWPTGLRLSRIGGIH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ARYLOMYCIN A2
分子量 formula_weight	644.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SAGGAY

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	10-METHYLUNDECANOIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

▶

7. 引用文献 (3)

▶

晶胞边长 a length_a	71.800 Å
晶胞边长 b length_b	71.800 Å
晶胞边长 c length_c	263.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	35.596 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2086
R_free r_free	0.2338

fit	/app/data/saxs_computation/nl/9nlo/9nlo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nl/9nlo/9nlo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nl/9nlo/9nlo.dat

Escherichia coli Signal Peptidase I Delta 2-76 P84A in complex with lipopeptide inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)