9no2

CryoEM structure of RibD-enolase complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9no2
沉积日期 deposition_date	2025-03-07
结构标题 title	CryoEM structure of RibD-enolase complex
关键词 keywords	reductase, deaminase, glycolysis, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.46 Å
零角强度 I(0) i0	421292000.00
分子量 molecular_weight	170570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	215020 Å³
包络体积 envelope_volume	283010 Å³
水化壳体积 shell_volume	59859 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.66 Å
包络 Rg envelope_rg	38.06 Å
形状 Rg shape_rg	38.46 Å
总 Rg total_rg	38.88 Å
总原子数 total_atoms	11996
残基数 n_residues	1556
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	421300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.221
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	104900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Enolase
分子量 formula_weight	49562.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.11
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11996

MSSQIKQVFARQILDSRGNPTVEVDVVLESGAFGRAAVPSGASTGIREALELRDGNKALFLGKSVYKAVENVNTKIAQAVKGLDALDQRLIDKTMIELDGSENKKNLGANAILGVSLATARAAASHLRKPFYRYLMDVKEYLMPVPMMNVINGGSHADNNVDMQEFMIVPAGFDTFSEALRCGTEVFHTLKKVLIADGYSVAGVGDEGGYAPDLPSNEAAIEAILKAVKEAGYEPGKHVFIALDPASSEFYKDGKYELKSENKSLTSEEMIDYYAAWVEKYPIVSIEDGLAEEDWAGWKLLTEKLGNKVQLVGDDLFVTNPSILAKGIEKGIANSILIKLNQIGTLTETFEAMAMAGQAGYTCVVSHRSGETSDTIIADLAVATCSGQIKTGSLSRSDRIAKYNQLLRIEEELGENAIYPGIKAFVFNSDEEVEEDVQEIIVEDSEAEKVVVQVEE

Entity 2 polymer

描述 description	Riboflavin biosynthesis protein RibD
分子量 formula_weight	39638.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.26,1.1.1.193
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MKNIDKYYMQQALTLANRGRLTVSPNPMVGCIIVKNGAIISEGWHETVGEAHAEVHALIKVGDKAKGATAYVTLEPCCHHGRTPPCTDTIIKAGIKKVIIATLDPNPKVAGKGVERLKNAGITVEVGLLEKQAQELNKIFFHYQTTKKPFVYAKWAMSLDGKIAVNDGDSKKISSHQAFVNTHELRNICDAILIGKQTLIDDNPSLDVRININKIKHPTRFILANHLTTINHNWRVLDQRHAKTIFVCSKISAQVATKLNQLGIEYWLLPQSQHQVCLDTLLEKMGKIGITSLLVEGGNKTLNSFINQKLVNEFYTYLAPVIIADYNPKQQLSFNQISVREDIIINSCFKENSNV

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	356717

fit	/app/data/saxs_computation/no/9no2/9no2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/no/9no2/9no2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/no/9no2/9no2.dat

CryoEM structure of RibD-enolase complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)