9no4

Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 3:2 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 217.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9no4
沉积日期 deposition_date	2025-03-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 3:2 complex
关键词 keywords	ANTI-CRISPR, TYPE III CRISPR, CRYO-EM, STRUCTURAL BIOLOY, ANTI-BACTERIAL, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	74.43 Å
零角强度 I(0) i0	6172100000.00
分子量 molecular_weight	659930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	822900 Å³
包络体积 envelope_volume	1199300 Å³
水化壳体积 shell_volume	138160 Å³
包络直径 envelope_diameter	251.6 Å
壳层 Rg shell_rg	68.35 Å
包络 Rg envelope_rg	73.23 Å
形状 Rg shape_rg	74.47 Å
总 Rg total_rg	74.21 Å
总原子数 total_atoms	46513
残基数 n_residues	5937
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.8 Å
Rg (实空间) rg_real	74.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2270e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6151000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8376
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.657
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0186
最高正则化参数 α highest_alpha	167600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm4
分子量 formula_weight	33829.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	46513

MTYKLYIMTFQNAHFGSGTLDSSKLTFSADRIFSALVLEALKMGKLDAFLAEANQDKFTLTDAFPFQFGPFLPKPIGYPKHDQIDQSVDVKEVRRQAKLSKKLQFLALENVDDYLNGELFENEEHAVIDTVTKNQPHKDDNLYQVATTRFSNDTSLYVIANESDLLNELMSSLQYSGLGGKRSSGFGRFELDIQNIPLELSDRLTKNHSDKVMSLTTALPVDADLEEAMEDGHYLLTKSSGFAFSHATNENYRKQDLYKFASGSTFSKTFEGQIVDVRPLDFPHAVLNYAKPLFFKLEV

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
分子量 formula_weight	24585.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MTFAKIKFSAQIRLETGLHIGGSDAFAAIGAIDSPVIKDPITNLPIIPGSSLKGKMRTLLAKVYNEKVAEKPSDDSDILSRLFGNSKDKRFKMGRLIFRDAFLSNADELDSLGVRSYTEVKFENTIDRITAEANPRQIERAIRNSTFDFELIYEITDENENQVEEDFKVIRDGLKLLELDYLGGSGSRGYGKVAFENLKATTVFGNYDVKTLNELLTAEV

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
分子量 formula_weight	24555.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	crRNA RNA (35-MER)
分子量 formula_weight	11118.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

ACGGAAACCUUGAUUCUAACGCUACUUCUAAAUAA

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm2
分子量 formula_weight	15361.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAILTDENYVDKAERAISLLEKDNKGNYLLTTSQIRKLLSLCSSLYDRSKERKFDELINDVSYLRVQFVYQSGRNSVRVNRQTFFPVKDLVEKGQILEALKEIKDRETLQRFCRYMEALVAYFKFYGGKD

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm5
分子量 formula_weight	41226.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKNDYRTFKLSLLTLAPIHIGNGEKYTSREFIYENKKFYFPDMGKFYNKMVEKRLAEKFEAFLIQTRPNARNNRLISFLNDNRIAERSFGGYSISETGLESDRNPNSAGAINEVNKFIRDAFGNPYIPGSSLKGAIRTILMNTTPKWNNENAVNDFGRFPKENKNLIPWGPKKGKEYDDLFNAIRVSDSKPFDNKRLILVQKWDYSAKTNKAKPLPLYRESISPLTKIEFEITTTTDEAGRLIEELGKRAQAFYKDYKAFFLSEFPDDKIQANLQYPIYLGAGSGAWTKTLFKQADGILQRRYSRMKTKMVKKGVLKLTKAPLKIVKIPSGNHSLIKNHESFYEMGKANFMIKEIDK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Enolase
分子量 formula_weight	46948.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,O,P,Q

MSIITDVYAREVLDSRGNPTLEVEVYTESGAFGRGMVPSGASTGEHEAVELRDGDKARYGGLGTQKAVDNVNNVIAEHIIGFDVRDQQGIDRAMIALDGTPNKGKLGANAILGVSIAVARAAADYLEVPLYSYLGGFNTKVLPTPMMNIINGGSHSDAPIAFQEFMIVPAGAPTFKEALRWGAEIFHALKKILKERGLETAVGDEGGFAPRFNGTEDGVETIIKAIEAAGYVPGKDVFIGLDCASSEFYDAEHKVYGYTKFEGEGAAVRTAAEQIDYLEELVNKYPIITIEDGMDENDWDGWKALTERLGGKVQLVGDDFFVTNTAYLEKGIAEHAANSILIKVNQIGTLTETFDAIEMAKEAGYTAVVSHRSGETEDSTIADIAVATNAGQIKTGSLSRTDRIAKYNQLLRIEDQLGEVAEYRGLKSFYNLKK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	AcrIIIA2
分子量 formula_weight	12226.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKNFKISSTYRAARKQQKTANRKSFYNDEGYMISPSEWADGVIKGLINPKNSWSNDHVKGYLPRVSPRSHWTKNGYREYLGIGKSRDIPEKEPEVIEMMDLELVP

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus phage 2972
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2908019
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
分子量 formula_weight	86930.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKKEKIDLFYGALLHDIGKVIQRATGERKKHALVGADWFDEIADNQVISDQIRYHMANYQSDKLGNDHLAYITYIADNIASGVDRRQSNEESDEDASAKIWDTYTNQADIFNVFGAQTDKRYFKPTVLNLKSKPNFASATYEPFSKGDYAAIATRIKNELAEFEFNQAQIDSLLNLFEAILSFVPSSTNSKEIADISLAEHSRLTAAFALAIYDYLEDKGRHNYKEDLFTKASAFYEEEAFLLASFDLSGIQDFIYNIATSGAAKQLKARSLYLDFMSEYIADSLLDKLGLNRANLLYVGGGHAYFVLANTEKTVETLVQFEKDFNQFLLANFQTRLYVAFGWGSFAAKDIMSELNSPESYRQIYQKASRMISEKKISRYDYRTLMLLNRGGKSSERECEICHSVENLVSYHDQKVCDICRGLYQFSKEIAHDHFIITENEGLPIGPNACLKGVAFEKLSQESFSRVYVKNDYKAGTIKATHVFVGDYQCDEIHKYAALSKNEDGLGIKRLAVVRLDVDDLGAAFMAGFSRQGNGQYSTLSRSATFSRSMSLFFKVYINQFASDKKLSIIYAGGDDVFAIGSWQDIIAFTVELRQNFIKWTNGKLTLSAGIGLFADKTPISLMAHQTGELEEAAKGNEKDSISLFSSDYTFKFDRFITNVYDDKLEQIRYFFNHQDERGKNFIYKLIELLRNYESEEKMNVARLAYYLTRLEELTDKDERDKFKQFKKLFFKWYTNNESDRKEAELALLLYVYEIRKD

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	311708

fit	/app/data/saxs_computation/no/9no4/9no4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/no/9no4/9no4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/no/9no4/9no4.dat

Cryo-EM structure of Csm/AcrIIIA2/enolase 3:2 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)