9np7

Crystal Structure of Beat-Vb IG1+2 Domains

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9np7
沉积日期 deposition_date	2025-03-11
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	Crystal Structure of Beat-Vb IG1+2 Domains
关键词 keywords	Immunoglobulin superfamily, Glycoprotein, Neuronal, Cell Surface Receptor, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.05 Å
零角强度 I(0) i0	15028500.00
分子量 molecular_weight	29429.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36747 Å³
包络体积 envelope_volume	48687 Å³
水化壳体积 shell_volume	16764 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.12 Å
包络 Rg envelope_rg	27.07 Å
形状 Rg shape_rg	27.08 Å
总 Rg total_rg	27.46 Å
总原子数 total_atoms	2072
残基数 n_residues	245
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7643
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.491
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.648
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3366000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.585; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.263; Smooth: 0.913

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Beaten path Vb, isoform A
分子量 formula_weight	29201.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2072

ADPLRVTDINVPQIVDFRDNVTLSCSYDISGHTLNSVKWYKNGKEFFRYSPLTPPTYIPFAVEGVQLIDDGNECNESSCRVELNLLGVKSSGVYRCEVSGDAPHFQLTARDANMTVEALPQNNPLISSFHSTYRFNDFVEVNCSTDFSSLFTRITWYVNGIKVSLVDLLPSFETTIVAHGYSMRRIVSQLNFYANEPRFHQLQLQKLIQQKRTISPARLGLELRCVAEIDRYPHLQREGTMFAQLFRDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.680 Å
晶胞边长 b length_b	183.680 Å
晶胞边长 c length_c	68.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.920 Å
R 因子 r_factor	0.2975
R_work r_work	0.2963
R_free r_free	0.3150

fit	/app/data/saxs_computation/np/9np7/9np7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/9np7/9np7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/9np7/9np7.dat

Crystal Structure of Beat-Vb IG1+2 Domains

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction