9nph

X-ray crystal structure of recombinant Can f 1 in complex with human IgE mAb 1J11 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nph
沉积日期 deposition_date	2025-03-11
最后修订 last_revision	2025-08-27
结构标题 title	X-ray crystal structure of recombinant Can f 1 in complex with human IgE mAb 1J11 Fab
关键词 keywords	;allergen-antibody complex, dog allergen Can f 1, anti Can f 1 antibody, human IgE bound to Can f 1, ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex, ALLERGEN ;; ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.84 Å
零角强度 I(0) i0	72571900.00
分子量 molecular_weight	64040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78668 Å³
包络体积 envelope_volume	104200 Å³
水化壳体积 shell_volume	30433 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.23 Å
包络 Rg envelope_rg	31.09 Å
形状 Rg shape_rg	30.83 Å
总 Rg total_rg	31.21 Å
总原子数 total_atoms	4482
残基数 n_residues	589
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8026
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.628
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.075
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.644; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.622; Smooth: 0.874

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	1J11 Fab light chain
分子量 formula_weight	22717.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4542

SYELTQPPSVSVSPGQTANITCSGDKLGDKFTSWYQQRPGQSPVLVIYQDIERPSGIPERFSGSNSGNTATLTISGTQALDEADYYCQAWDTSTVVFGGGTRLTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	1J11 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25320.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLVESGGGVVQPGSSLRLSCAVSGFTVRSYGMHWVRQAPGKGLEWVALILFDGTTKHYADSVKGRFTISRDNSKDTLYLQMTSLGAEDTAMYYCVRDFNQFVKRFVDGPAFDLWGQGTRVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Major allergen Can f 1
分子量 formula_weight	16569.7 kDa
突变 mutation	C118S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GDTVAVSGKWYLKAMTADQEVPEKPDSVTPMILKAQKGGNLEAKITMLTNGQCQNITVVLHKTSEPGKYTAYEGQRVVFIQPSPVRDHYILYSEGELHGRQIRMAKLLGRDPEQSQEALEDFREFSRAKGLNQEILELAQSETCSPGGQ

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.511 Å
晶胞边长 b length_b	69.511 Å
晶胞边长 c length_c	247.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.592 Å
最低分辨率 resolution_low	38.221 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2153
R_free r_free	0.2610

fit	/app/data/saxs_computation/np/9nph/9nph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/9nph/9nph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/9nph/9nph.dat

X-ray crystal structure of recombinant Can f 1 in complex with human IgE mAb 1J11 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)