9nq5

D-Ornithine/D-lysine decarboxylase C387A complexed with HEPES, putrescine, and D-ornithine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nq5
沉积日期 deposition_date	2025-03-11
最后修订 last_revision	2026-03-25
结构标题 title	D-Ornithine/D-lysine decarboxylase C387A complexed with HEPES, putrescine, and D-ornithine
关键词 keywords	;Decarboxylase, pyridoxal-5'-phosphate, fold III, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.61 Å
零角强度 I(0) i0	186365000.00
分子量 molecular_weight	107700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134220 Å³
包络体积 envelope_volume	155390 Å³
水化壳体积 shell_volume	43490 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.40 Å
包络 Rg envelope_rg	28.63 Å
形状 Rg shape_rg	28.57 Å
总 Rg total_rg	29.47 Å
总原子数 total_atoms	14957
残基数 n_residues	934
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	186400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8984
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.404
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	D-ornithine/D-lysine decarboxylase
分子量 formula_weight	54372.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.116
突变 mutation	C387A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16678

MTDSIMQNYNQLREQVINGDRRFQHKDGHLCFEGVDLDALARQYPTPFYVFSEPEIIRNIHEIQQAFAAHKNTKTFFASKTCSVMGVLKAIRDAGICAEANSQYEVRKCLEIGFRGDQIVFNGVVKKPADLEYAIANDLYLINVDSLYELEHIDAISRKLKKVANVCVRVEPNVPSATHAELVTAFHAKSGLDLEQAEETCRRILAMPYVHLRGLHMHVGDQVPESEPFAKATKVLVDESRRLEEVLGIKFDLINVGGGIPVPYKYDDENGDPLKDNMYAGITAQDFADAVIREVHKWRTDVEICIEPGRKVTGSAAVLLTEVSCEKRKTNYDLNGNVECHVEWKFVDAGYSVLSDSQHFDWFFYVYNASRMTAAHDAWIKLAGPLADGGDYFHMGVKGEEFLLPKETHVGDIVAFLDAGAYTIESQTVYNNRPRTGVVMIDKNGDTRLIRREDSYEDMVKYDIYLLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	D-ornithine/D-lysine decarboxylase
分子量 formula_weight	54144.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.116
突变 mutation	C387A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,4-DIAMINOBUTANE
分子量 formula_weight	88.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	248.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	D-ORNITHINE
分子量 formula_weight	132.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	803

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.990 Å
晶胞边长 b length_b	104.770 Å
晶胞边长 c length_c	106.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	68.670 Å
R 因子 r_factor	0.1797
R_work r_work	0.1791
R_free r_free	0.2068

fit	/app/data/saxs_computation/nq/9nq5/9nq5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nq/9nq5/9nq5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nq/9nq5/9nq5.dat

D-Ornithine/D-lysine decarboxylase C387A complexed with HEPES, putrescine, and D-ornithine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)