9nr2

Crystal structure of H5 hemagglutinin from the influenza virus A/black swan/Akita/1/2016 with LSTa

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nr2
沉积日期 deposition_date	2025-03-13
结构标题 title	Crystal structure of H5 hemagglutinin from the influenza virus A/black swan/Akita/1/2016 with LSTa
关键词 keywords	H1N1, Antibody, Hemagglutinin, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.42 Å
零角强度 I(0) i0	462132000.00
分子量 molecular_weight	171410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	212290 Å³
包络体积 envelope_volume	279860 Å³
水化壳体积 shell_volume	57047 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.29 Å
包络 Rg envelope_rg	42.34 Å
形状 Rg shape_rg	42.46 Å
总 Rg total_rg	42.45 Å
总原子数 total_atoms	12052
残基数 n_residues	1474
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.4 Å
Rg (实空间) rg_real	43.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	462000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8311
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.521
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.840

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1
分子量 formula_weight	36524.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	12069

PGDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTHAQDILEKTHNGRLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFIRVPEWSYIVERTNPANDLCYPGNLNDYEELKHLLSRINHFEKTLIIPKSSWPNHETSGVSAACPYQGVPSFFRNVVWLTKKNDAYPTIKMSYNNTNGEDLLILWGIHHSNNAAEQINLYKNPTTYVSVGTSTLNQRLVPKIATRSQVNGQQGRMDFFWTILKPNDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKGDSTIMKSEMEYGHCNTKCQTPIGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLRNSPLR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2
分子量 formula_weight	20442.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

GLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADRESTQKAIDGVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYSEEARLKREEISSGR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 3 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	471.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	187.241 Å
晶胞边长 b length_b	100.397 Å
晶胞边长 c length_c	132.067 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	125.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.710 Å
最低分辨率 resolution_low	35.650 Å
R 因子 r_factor	0.2258
R_work r_work	0.2233
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/nr/9nr2/9nr2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nr/9nr2/9nr2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nr/9nr2/9nr2.dat

Crystal structure of H5 hemagglutinin from the influenza virus A/black swan/Akita/1/2016 with LSTa

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)