9nsd

Crystal structure of PvCSS-PvPTRAMP in complex with nanobody D7

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nsd
沉积日期 deposition_date	2025-03-16
结构标题 title	Crystal structure of PvCSS-PvPTRAMP in complex with nanobody D7
关键词 keywords	malaria, invasion, nanobody, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.76 Å
零角强度 I(0) i0	269461000.00
分子量 molecular_weight	135510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169690 Å³
包络体积 envelope_volume	245710 Å³
水化壳体积 shell_volume	47104 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.18 Å
包络 Rg envelope_rg	44.23 Å
形状 Rg shape_rg	45.80 Å
总 Rg total_rg	45.69 Å
总原子数 total_atoms	9548
残基数 n_residues	1175
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.9 Å
Rg (实空间) rg_real	45.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	269500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8927
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.114
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.819
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.865

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine-rich small secreted protein CSS, putative
分子量 formula_weight	31767.1 kDa
突变 mutation	T182A, S354A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D
原子数 atom_count	9548

GTQANRANLCSCDFTERLNFIPQEKTKVVCNLNPHHGEEVKIWVNKEYEVSCFENSRVYCPLKDYIMNNANIVTFSPKLKYSINDVVHRDREVKEYHLQIDREASDILFFCTIKPKQVSELLEGEVKINLKREVGEQYSVASEDGTHVCDFSKGNLNISPSAGFNYKHDRSVSCIYLVIPNKLFLIKLPKLNIVTEQFLPNLVNCLSEYSFINFNLKHVEESDDSISLHLSFGDFKKNFNVACAFDLSEYAVEPCSLGKKGIVTFYFNALENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax
通用名 common_name	malaria parasite P. vivax
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5855
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody D7
分子量 formula_weight	14089.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C,F

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYAMSWVRQAPGKGLEWISDINSDGGFTYYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCAKPQAFGYREYDYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Thrombospondin-related apical membrane protein
分子量 formula_weight	32034.3 kDa
突变 mutation	S117A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

GTEKFKRQNTNYILQLLQKNENYKIVTLEPECAVGAGSQLGQAAQESDVNRKEFLLHNYLVIKNSQFTNEKVLEVYSSKEENVKSHLVLTFYIGDFNFAVGGNSPYEVNLILSIMAGNKKSTCKYNNYNIVLLKSADVMNPSEFEILSEPIKFSISKTSGSFRININNFFLDGTWRAFVKDRLTFLLKPEDNCYTVLEDKLNKPSLIIEKKNMFYTEWGEWSQCSMECDHPDNVQIRERKCADPSGNCFKGDLKETRPCQVPLPPCNSLFEHKESSTFK

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax
通用名 common_name	malaria parasite P. vivax
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5855
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.217 Å
晶胞边长 b length_b	125.217 Å
晶胞边长 c length_c	106.466 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.140 Å
最低分辨率 resolution_low	48.320 Å
R 因子 r_factor	0.2271
R_work r_work	0.2246
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/ns/9nsd/9nsd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ns/9nsd/9nsd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ns/9nsd/9nsd.dat

Crystal structure of PvCSS-PvPTRAMP in complex with nanobody D7

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)