9nte

Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) apoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 165.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nte
沉积日期 deposition_date	2025-03-18
结构标题 title	Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) apoenzyme
关键词 keywords	;Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD); Hydrolase; Adenosine 5'-monophosphate deaminase, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.97 Å
零角强度 I(0) i0	814254000.00
分子量 molecular_weight	241380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	304110 Å³
包络体积 envelope_volume	385470 Å³
水化壳体积 shell_volume	68783 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.73 Å
包络 Rg envelope_rg	47.45 Å
形状 Rg shape_rg	47.98 Å
总 Rg total_rg	47.99 Å
总原子数 total_atoms	16972
残基数 n_residues	1995
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.8 Å
Rg (实空间) rg_real	48.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	813900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8411
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.418
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.620
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	180400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.720; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.891; Smooth: 0.878

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Helix pomatia AMP deaminase
分子量 formula_weight	61251.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19110

MSQVGAVTMVSIICVVVLGAVGGPVAGLAVRFPTMDEYTNAREELIGSEQYLRVGGSINLNNKEKKLNQFILREKRAIIENSRLNKTQYIPAVSFFLSKSQMESTPIFKIIKDMPKGAALHLHDTASARIDWIVSNATYRDHVYMCMDQDNFVRLTVSGTGPPANSGCEWKLVETERANSGDIAAFDHWLKSNISLLTTDPLVTYPSLDKVWGRFDKHFSQLRGIIYHTPIRRDYYRQILEEFRSDNVQYVEVRSSLSGYYDLDGTVHDPEYGLQLYKAVTEEFVRTYPDFSGAKIIKSTARVKPNTDIFNDVKLSMDLYKRYPGFFLGFDLVAQEDPNTSLLGYIDSLLYPSRQNPPVSLPYYFHAGETNWQGTEVDYNLVDALLLNATRIGHGFALIKHPRVIELVKSRGVAVEVNPVSNQLLGLVKDLRNHAAAPLLAQNVPVVISSDDPGVWEALPMSHDMYVAFMDLVGEDAGLDVLKQLVWNSIQYSSMNATEKKTALKLLQAKWNNFINDSLIKWKLTNKKVIGHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Helix pomatia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6536
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	118

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1996

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.229 Å
晶胞边长 b length_b	82.429 Å
晶胞边长 c length_c	211.423 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.1644
R_work r_work	0.1628
R_free r_free	0.1952

fit	/app/data/saxs_computation/nt/9nte/9nte.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/9nte/9nte.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/9nte/9nte.dat