9ntf

Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) with unknown density in the active site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ntf
沉积日期 deposition_date	2025-03-18
结构标题 title	Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD) with unknown density in the active site
关键词 keywords	;Helix pomatia AMP deaminase (HPAMPD); Hydrolase; Inosine 5'-monophosphate, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.09 Å
零角强度 I(0) i0	783313000.00
分子量 molecular_weight	236100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	297020 Å³
包络体积 envelope_volume	382480 Å³
水化壳体积 shell_volume	68201 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.90 Å
包络 Rg envelope_rg	47.47 Å
形状 Rg shape_rg	48.10 Å
总 Rg total_rg	48.15 Å
总原子数 total_atoms	16626
残基数 n_residues	1995
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.1 Å
Rg (实空间) rg_real	48.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	783000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8381
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.629
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	174900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.672

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	AMP deaminase
分子量 formula_weight	61251.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	18622

MSQVGAVTMVSIICVVVLGAVGGPVAGLAVRFPTMDEYTNAREELIGSEQYLRVGGSINLNNKEKKLNQFILREKRAIIENSRLNKTQYIPAVSFFLSKSQMESTPIFKIIKDMPKGAALHLHDTASARIDWIVSNATYRDHVYMCMDQDNFVRLTVSGTGPPANSGCEWKLVETERANSGDIAAFDHWLKSNISLLTTDPLVTYPSLDKVWGRFDKHFSQLRGIIYHTPIRRDYYRQILEEFRSDNVQYVEVRSSLSGYYDLDGTVHDPEYGLQLYKAVTEEFVRTYPDFSGAKIIKSTARVKPNTDIFNDVKLSMDLYKRYPGFFLGFDLVAQEDPNTSLLGYIDSLLYPSRQNPPVSLPYYFHAGETNWQGTEVDYNLVDALLLNATRIGHGFALIKHPRVIELVKSRGVAVEVNPVSNQLLGLVKDLRNHAAAPLLAQNVPVVISSDDPGVWEALPMSHDMYVAFMDLVGEDAGLDVLKQLVWNSIQYSSMNATEKKTALKLLQAKWNNFINDSLIKWKLTNKKVIGHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Helix pomatia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6536
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	73

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1839

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.344 Å
晶胞边长 b length_b	82.351 Å
晶胞边长 c length_c	211.495 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.560 Å
最低分辨率 resolution_low	70.850 Å
R 因子 r_factor	0.1620
R_work r_work	0.1607
R_free r_free	0.1879

fit	/app/data/saxs_computation/nt/9ntf/9ntf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/9ntf/9ntf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/9ntf/9ntf.dat