9ntk

Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) in complex with pentostatin monophosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ntk
沉积日期 deposition_date	2025-03-18
结构标题 title	Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) in complex with pentostatin monophosphate
关键词 keywords	;Chimeric Adenosine deaminase growth factor (ADGF) apoenzyme; Hydrolase; Adenosine deaminase; Pentostatin mono phosphate; Deoxycoformycin 5' phosphate, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.79 Å
零角强度 I(0) i0	1545640000.00
分子量 molecular_weight	217580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211110 Å³
包络体积 envelope_volume	370080 Å³
水化壳体积 shell_volume	71424 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.8 Å
壳层 Rg shell_rg	48.97 Å
包络 Rg envelope_rg	41.51 Å
形状 Rg shape_rg	41.77 Å
总 Rg total_rg	42.04 Å
总原子数 total_atoms	16504
残基数 n_residues	1976
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7510e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1546000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9008
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	208100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenosine deaminase AGSA,Adenosine deaminase AGSA,Chimeric Adenosine deaminase growth factor
分子量 formula_weight	61383.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16622

MSSFSTHNFVAIATFVCWFCCLATAAPLTSKAAYLLKRNSLIEEDASRKLGAKIVLTNEEKVLDDFILAEKRKLIDDSRLNQTEYMPAASFYRSKDFIDTTFAYKIIQDMPKGGALHLHDTASARIDWIVSNATYRDHVYMCMDQDNFVRLTVSGTGPPANSGCEWKLVETERANSGDIAAFDHWLKSNISLLTTDPLVTYPSLDKVWGRFDKHFSQLRGIIYHTPIRRDYYRQILEEFRSDNVQYVEVRSSLSGFFELDGTVHDAEFGLNLYKSVTEEFQREYPDFIGAKIILSGLRFKSQEEILNEVKIAMDLHKKYPDFFLGYDLVGQEDPNFSLLHYLDALLYPSIQNPPYRLPYFFHAAETNWQETEVDYNLADALLLNTTRVGHGFALIKHPRFTELAKENGVAVEVNPISNQILGLVRDVRNHALVPLIADDYPIVISSDDPGAWEASPLSHDFYVALMDLCGRDTALTFLKQLALNSIRYSAMSDTEKVAAKAKWTTQWDKFVKTSVEGLKPHINDRSHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aplysia californica
通用名 common_name	California sea hare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6500
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	;pentostatin 5'-phosphate ;
分子量 formula_weight	348.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	118

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.834 Å
晶胞边长 b length_b	118.477 Å
晶胞边长 c length_c	109.546 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	29.630 Å
R 因子 r_factor	0.2127
R_work r_work	0.2116
R_free r_free	0.2563

fit	/app/data/saxs_computation/nt/9ntk/9ntk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/9ntk/9ntk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/9ntk/9ntk.dat