9nug

D-Ornithine/D-lysine decarboxylase C387A complexed with putrescine, D-arginine and agmatine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nug
沉积日期 deposition_date	2025-03-19
最后修订 last_revision	2026-05-20
结构标题 title	D-Ornithine/D-lysine decarboxylase C387A complexed with putrescine, D-arginine and agmatine
关键词 keywords	;Decarboxylase, pyridoxal-5'-phosphate, fold III, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.38 Å
零角强度 I(0) i0	183293000.00
分子量 molecular_weight	106970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133370 Å³
包络体积 envelope_volume	152200 Å³
水化壳体积 shell_volume	42863 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.24 Å
包络 Rg envelope_rg	28.50 Å
形状 Rg shape_rg	28.34 Å
总 Rg total_rg	29.26 Å
总原子数 total_atoms	7521
残基数 n_residues	936
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	183300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.242
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.970

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	D-ornithine/D-lysine decarboxylase
分子量 formula_weight	54144.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.116
突变 mutation	C387A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8600

MTDSIMQNYNQLREQVINGDRRFQHKDGHLCFEGVDLDALARQYPTPFYVFSEPEIIRNIHEIQQAFAAHKNTKTFFASKTCSVMGVLKAIRDAGICAEANSQYEVRKCLEIGFRGDQIVFNGVVKKPADLEYAIANDLYLINVDSLYELEHIDAISRKLKKVANVCVRVEPNVPSATHAELVTAFHAKSGLDLEQAEETCRRILAMPYVHLRGLHMHVGDQVPESEPFAKATKVLVDESRRLEEVLGIKFDLINVGGGIPVPYKYDDENGDPLKDNMYAGITAQDFADAVIREVHKWRTDVEICIEPGRKVTGSAAVLLTEVSCEKRKTNYDLNGNVECHVEWKFVDAGYSVLSDSQHFDWFFYVYNASRMTAAHDAWIKLAGPLADGGDYFHMGVKGEEFLLPKETHVGDIVAFLDAGAYTIESQTVYNNRPRTGVVMIDKNGDTRLIRREDSYEDMVKYDIYLLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	(E)-N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-D-arginine
分子量 formula_weight	403.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	[(4R)-4-{(E)-[(4-carbamimidamidobutyl)imino]methyl}-6-methyl-5-oxo-4,5-dihydropyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	359.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,4-DIAMINOBUTANE
分子量 formula_weight	88.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	694

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	141.025 Å
晶胞边长 b length_b	49.087 Å
晶胞边长 c length_c	139.365 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	62.690 Å
R 因子 r_factor	0.1939
R_work r_work	0.1913
R_free r_free	0.2416

fit	/app/data/saxs_computation/nu/9nug/9nug.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nu/9nug/9nug.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nu/9nug/9nug.dat