SAXSdb — 9nvu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nvu
沉积日期 deposition_date	2025-03-21
结构标题 title	Engineered OrufIscB-omegaRNA-target DNA complex
关键词 keywords	Gene editing, IscB, OMEGA, RNA-guided nuclease, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.99 Å
零角强度 I(0) i0	572442000.00
分子量 molecular_weight	142070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155580 Å³
包络体积 envelope_volume	230250 Å³
水化壳体积 shell_volume	53123 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.11 Å
包络 Rg envelope_rg	36.42 Å
形状 Rg shape_rg	35.93 Å
总 Rg total_rg	36.40 Å
总原子数 total_atoms	17170
残基数 n_residues	831
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	572500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	NTS
分子量 formula_weight	8885.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	17170

AAAATGACTTCTCATAAAATTCCCGGGTA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 2 polymer

描述 description	OrufIscB-REC-swap 49
分子量 formula_weight	69258.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RYVYVLDVDGKPLMPTCRFGKVRRMLKSGQAKAVDTLPFTIQLTYKPRTRILQPVTLGQDPGRTNIGMAAVRFDGKELGRFHCITRNKEIPKLMADRMAARKASRRGERLARKRLARKLHTTAKHLNGRILPGCSEPIAVKDIINTESRFNNRILTKCKVCGKNTPLRRNVRELLLENIVRFLPLESELKETLKRTILEGQQGNINKLFRKLRKVYKITLNQKDWPGKNLTDIAKNKLPGRLPFCKEHFAENEKFTTIEKSTFRLTPTATQLLRTHINLFRKLSGILPVTDVAVELNKFAFMQLDNPEMKKREIDFCHGPLCGTGGLEAAVKEQQDGKCLLCGKESIGHYHHIVPRSRRGSNTIANIAGLCPKCHELVHKDADTAESLTEMKTGLMKKYGGTSVLNQIIPKLVETLADLFPGHFHVTNGWNTKEFREKHHLEKDHDVDAYCIACSHLKPEETLVETEPFEILQFRKHNRAIIHHQTERTYKLDGVTVAKNRKKRMEQKTDSLEDWYVDMAKEHGKTQADAMRSRLTVIKSTRYYNTPGRMMPGTVFLYEGKRYVMTGQITNGKYYRAYGQEKRNFPAVKVRILTKNTGLVFVA

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	DNA TS
分子量 formula_weight	12030.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TACCCGGGAATTTTATGAGAAGTCATTTAATAAGGCCAC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 4 polymer

描述 description	RNA (162-MER)
分子量 formula_weight	73060.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	W

GGGCCUUAUUAAAUGACUUCUCGUCAAUAACCCAUGACUGAAGUCAUGGGCUUGCAGAUGCAGGUCCUGAUGGAAGAAAGGGUUACUGAGCAGAGCAGUGACAUGUCAUUCGCCGCGGGGUGAUUCCAAGCUCCGCGCUCCGGCUAGACAUGCCCAUGCUUUGGAAACUUUAACGGUAUGUGCGGUUUUCCGCUUAUACCGGCUUACAACAAAUAAGGAGUUAUUAG

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	68817

fit	/app/data/saxs_computation/nv/9nvu/9nvu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nv/9nvu/9nvu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nv/9nvu/9nvu.dat

Engineered OrufIscB-omegaRNA-target DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)