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9nwd

Human E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex (N-terminal)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 208.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nwd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nwd
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9nwd
沉积日期 deposition_date2025-03-22
结构标题 titleHuman E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex (N-terminal)
关键词 keywordsE3 ligase, LIGASE, UBR4; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.12 Å
零角强度 I(0) i01282820000.00
分子量 molecular_weight308420.0 kDa
排除体积 excluded_volume388820 ų
包络体积 envelope_volume672840 ų
水化壳体积 shell_volume83153 ų
包络直径 envelope_diameter226.2 Å
壳层 Rg shell_rg67.92 Å
包络 Rg envelope_rg68.58 Å
形状 Rg shape_rg72.05 Å
总 Rg total_rg72.28 Å
总原子数 total_atoms21667
残基数 n_residues2783
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax208.1 Å
Rg (实空间) rg_real72.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1279000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8147
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.3 Å
偏度 Skewness skewness0.219
峰度 Kurtosis kurtosis-0.961
角度范围 angular_range— – 0.1100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0019
最高正则化参数 α highest_alpha29840000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.699; Smooth: 0.000
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (1)

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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)