9nx4

Crystal Structure of a P. Aeruginosa Gyrase Chimera In Complex with 20mer DNA and Ciprofloxacin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nx4
沉积日期 deposition_date	2025-03-25
最后修订 last_revision	2026-04-22
结构标题 title	Crystal Structure of a P. Aeruginosa Gyrase Chimera In Complex with 20mer DNA and Ciprofloxacin
关键词 keywords	Gyrase, Pseudomonas, DNA binding, Ciprofloxacin, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.10 Å
零角强度 I(0) i0	136684000.00
分子量 molecular_weight	88247.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108400 Å³
包络体积 envelope_volume	150490 Å³
水化壳体积 shell_volume	38980 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.12 Å
包络 Rg envelope_rg	34.70 Å
形状 Rg shape_rg	34.08 Å
总 Rg total_rg	34.48 Å
总原子数 total_atoms	12049
残基数 n_residues	757
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8193
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.547
峰度 Kurtosis kurtosis	0.185
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.621; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	105399.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12116

GSAAAKGALDIAGLPGKLADCQEKDPALSELYIVEGDSAGGSAKQGRNRRTQAILPLKGKILNVEKARFDKMLSSQEVGTLITALGCGIGREEYNIDKLRYHNIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFFRQMPELIERGYIYIAQPPLYKVKRGKQEQYIKDDQAMEEYMTQSALEDASLHVNEHAPGLSGAALEKLVNEYRGVIATLKRLSRLYPQELTEHFIYLPTVSVDDLANESAMQGWLEKFQARLTAAEKSGLTYKASLREDRERHLWLPEVELVAHGLSSYVTFNRDFFASNDYRSVSLLGDQLNSLLEDGAYVQKGERKRPISAFKDGLDWLMAEGTKRHSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPNVRRMLKVTIEDAIAADQIFNTLMGDAVEPRRDFIESNALAVSNLDVGGSGELAKEILPVNIEDELKQSYLDYAMSVIVGRALPDARDGLKPVHRRVLYAMSELGNDWNKPYKKSARVVGDVIGKYHPHGDTAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSVDGDNAAAMRYTEVRMAKLAHELLADLEKETVDWVPNYDGTEQIPAVMPTKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLGEVIDGCLALMDNPDLTVDELMQYIPGPDFPTAGIINGRAGIIEAYRTGRGRIYIRARAVVEEMEKGGGREQIIITELPYQLNKARLIEKIAELVKEKKIEGISELRDESDKDGMRVVIELRRGEVGEVVLNNLYAQTQLQSVFGINVVALVDGQPRTLNLKDMLEVFVRHRREVVTRRTVYELRKARERGHILEGQAVALSNIDPVIELIKSSPTPAEAKERLIATAWESSAVEAMVERAGADACRPEDLDPQYGLRDGKYYLSPEQAQAILELRLHRLTGLEHEKLLSEYQEILNLIGELIRILTNPARLMEVIREELEAVKAEFGDARRTEIVAS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AGCCGTAGGGCCCTACGGCT

Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	331.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	179.033 Å
晶胞边长 b length_b	179.033 Å
晶胞边长 c length_c	163.298 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	43.670 Å
R 因子 r_factor	0.2065
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/nx/9nx4/9nx4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nx/9nx4/9nx4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nx/9nx4/9nx4.dat

Crystal Structure of a P. Aeruginosa Gyrase Chimera In Complex with 20mer DNA and Ciprofloxacin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)