9nxg

An alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C) from Acetivibrio thermocellus DSM1313

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nxg
沉积日期 deposition_date	2025-03-25
结构标题 title	An alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C) from Acetivibrio thermocellus DSM1313
关键词 keywords	FIVE-BLADED BETA PROPELLER, BETA-TREFOIL, HYDROLASE, FUROSIDASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.90 Å
零角强度 I(0) i0	185882000.00
分子量 molecular_weight	107810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134190 Å³
包络体积 envelope_volume	161030 Å³
水化壳体积 shell_volume	42307 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.86 Å
包络 Rg envelope_rg	30.87 Å
形状 Rg shape_rg	30.88 Å
总 Rg total_rg	31.61 Å
总原子数 total_atoms	7623
残基数 n_residues	940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	185900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9063
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoside hydrolase family 43
分子量 formula_weight	56708.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8695

MTGADGAIAKLQSYNYSHMYIRNANFDVRIDDNVTPETDAQWVLVPGLANSGEGYVSIQSVDHLGYYLRHWNYDFRLEKNDGTRIFAEDATFKMVPGLADPSYTSFQSYNYPTRYIRHYNYLLRLDEIVTALDREDATFRVIDSSSVDPDKADDSVIVTNPIVRRRADPWVYRHTDGYYYMTASVPEYDRIELRRSRTLQGLSTATPKTIWRRHSSGIMGGHIWAPEIHFIDGKWYIYFSAGTSTNYFDIRLYVLECSDSNPLTGTWVEKGQLKTNWESFTLDATTFEHNGTRYLVWAQKDPKIASNSNIYIAKMNGPLAITGNQVMISTPEYSWEKIGYAVNEGPAVLKKNGKIFITFSASATDANYCMGLLTASDTANLLDPKSWHKSPNPVFQSNPSTGQYGPGHNSFTTSPDGKVDIMVYHARNYRDITGDPLYDPNRHTRAQIVNWNADGTPDFGIPVADGTNVIYIPPQTPTPIPTNSPTPSDLIYLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Acetivibrio thermocellus DSM 1313
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	637887
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	934

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.265 Å
晶胞边长 b length_b	81.614 Å
晶胞边长 c length_c	82.105 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.320 Å
最低分辨率 resolution_low	28.930 Å
R 因子 r_factor	0.1584
R_work r_work	0.1576
R_free r_free	0.1723

fit	/app/data/saxs_computation/nx/9nxg/9nxg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nx/9nxg/9nxg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nx/9nxg/9nxg.dat

An alpha-l-arabinofuranosidase (AtAbf43C) from Acetivibrio thermocellus DSM1313

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction