SAXSdb — 9nz3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nz3
沉积日期 deposition_date	2025-03-31
结构标题 title	SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B
关键词 keywords	M protein, SARS-CoV-2, inhibitor bound complex, viral protein, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.96 Å
零角强度 I(0) i0	541819000.00
分子量 molecular_weight	127580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123790 Å³
包络体积 envelope_volume	248480 Å³
水化壳体积 shell_volume	50814 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.84 Å
包络 Rg envelope_rg	41.19 Å
形状 Rg shape_rg	41.96 Å
总 Rg total_rg	42.11 Å
总原子数 total_atoms	9660
残基数 n_residues	1234
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	541800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8890
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.551
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	24890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.835

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Membrane protein
分子量 formula_weight	29889.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9661

MADNGTITVEELKQLLEQWNLVIGFLFLAWIMLLQFAYSNRNRFLYIIKLVFLWLLWPVTLACFVLAAVYRINWVTGGIAIAMACIVGLMWLSYFVASFRLFARTRSMWSFNPETNILLNVPLRGTIVTRPLMESELVIGAVIIRGHLRMAGHSLGRCDIKDLPKEITVATSRTLSYYKLGASQRVGTDSGFAAYNRYRIGNYKLNTDHAGSNDNIALLVQSNSLEVLFQGPSRGGSGAAAGSGSGSGSPSRLEEELRRRLTEGSEPEA

来源 Source

来源生物 organism	SARS-CoV-2 pseudovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3092168
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 2 polymer

描述 description	FAb B light chain
分子量 formula_weight	24157.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

ASDIVMTQSPASLAVSLGQRATISCKASQSIDYDGDNYMNWYQQKPGQPPKLLIYTTSNLESGIPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEGDAATYYCQQNNEDPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 3 polymer

描述 description	FAb B heavy chain
分子量 formula_weight	24211.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

EVQLQQSGPELVKPGASMKISCKTSGYSFTGYTMNWVKQSHGKNLEWIGLINPYNGDTSYNQKFKGKATLTVDKSSSTAYMELLSLTSEDSAVYYCEVINTYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGSGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(6S,8R)-N-(3-cyanophenyl)-5-{4-[difluoro(phenyl)methyl]phenyl}-6-methyl-4-oxo-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine-3-carboxamide ;
分子量 formula_weight	497.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.070 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	674469

fit	/app/data/saxs_computation/nz/9nz3/9nz3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nz/9nz3/9nz3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nz/9nz3/9nz3.dat

SARS-CoV M protein dimer in complex with JNJ-9676 and FAb B

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)