9nzd

Crystal structure of AfNth1-K122A mutant bound to Tg-DNA duplex complex in an intermediate state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nzd
沉积日期 deposition_date	2025-03-31
最后修订 last_revision	2026-04-15
结构标题 title	Crystal structure of AfNth1-K122A mutant bound to Tg-DNA duplex complex in an intermediate state
关键词 keywords	DNA-glycosylase, AP-lyase, hydrolase, LYASE-DNA complex; LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.64 Å
零角强度 I(0) i0	85022800.00
分子量 molecular_weight	62838.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74611 Å³
包络体积 envelope_volume	94824 Å³
水化壳体积 shell_volume	31020 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.81 Å
包络 Rg envelope_rg	25.67 Å
形状 Rg shape_rg	25.52 Å
总 Rg total_rg	26.61 Å
总原子数 total_atoms	4327
残基数 n_residues	462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.457
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8962000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Endonuclease III
分子量 formula_weight	23650.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.99.18
突变 mutation	K122A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4342

MDPIEVIEVMEREAIKRKAPVYHLKAEIKTPFQHLVAALLSSRTRDEATVRAAQNLFAKVKKPEDLLKLSEEEIAELIKGVGFYRVKAKRLKELAKKLVEDYSSEVPLSFEELVKLPGIGRASANVVLAYSDIPAIPVDTHVHRIANRLGWARTTKPEETEEVLKRLFPLEFWEKVNRAMVGFGQTVCKPQKPLCDECPIKGCPRVGVK

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPGPGPCPGPTPAPTPCPGPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3998.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

TTGGCGTATCGCG

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPGPCPGPAP(CTG)PAPCPGPCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3979.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

ACGCGATACGCCA

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.247 Å
晶胞边长 b length_b	110.247 Å
晶胞边长 c length_c	112.873 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	38.980 Å
R 因子 r_factor	0.2163
R_work r_work	0.2136
R_free r_free	0.2646

fit	/app/data/saxs_computation/nz/9nzd/9nzd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nz/9nzd/9nzd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nz/9nzd/9nzd.dat

Crystal structure of AfNth1-K122A mutant bound to Tg-DNA duplex complex in an intermediate state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)