9o01

Crystal structure of AfOgg1-D140N mutant bound to 8-OG DNA duplex in an intermediate state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o01
沉积日期 deposition_date	2025-04-01
最后修订 last_revision	2026-04-15
结构标题 title	Crystal structure of AfOgg1-D140N mutant bound to 8-OG DNA duplex in an intermediate state
关键词 keywords	DNA-glycosylase, AP-lyase, HYDROLASE, LYASE-DNA complex; HYDROLASE, LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.61 Å
零角强度 I(0) i0	24274500.00
分子量 molecular_weight	31903.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37529 Å³
包络体积 envelope_volume	45267 Å³
水化壳体积 shell_volume	20156 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.21 Å
包络 Rg envelope_rg	18.90 Å
形状 Rg shape_rg	18.54 Å
总 Rg total_rg	19.59 Å
总原子数 total_atoms	4187
残基数 n_residues	228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9016
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.135
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3032000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase
分子量 formula_weight	23166.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-,4.2.99.18
突变 mutation	D140N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4298

ISEFGSIEKAISRRIKEFRQLGEKGEVEFDFRPFLDFSVKATIRTELAFCISTANSSATAGLKFQRLLGQGVGVKEALTLAGVRFHNRKAEYIREAFKSFKLVEKALEAESSKAREILLKIKGLGMKEASHFLRNVGREDVAIINRHILRWLERQGYEVPGTMTAKKYLEVEKILMEISEERGESLAEMDLRIWAEMTGKVLK

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPGPTPCPCPAP(8OG)PGPTPCPTPAPCPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4866.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCGTCCAGGTCTACCT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPGPTPAPGPAPCPCPTPGPGPAPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4948.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AGGTAGACCTGGACGC

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.013 Å
晶胞边长 b length_b	52.839 Å
晶胞边长 c length_c	53.459 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	40.520 Å
R 因子 r_factor	0.2252
R_work r_work	0.2214
R_free r_free	0.2598

fit	/app/data/saxs_computation/o0/9o01/9o01.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o0/9o01/9o01.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o0/9o01/9o01.dat

Crystal structure of AfOgg1-D140N mutant bound to 8-OG DNA duplex in an intermediate state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)