9o0j

HtaA CR1 domain from Corynebacterium diphtheriae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o0j
沉积日期 deposition_date	2025-04-02
结构标题 title	HtaA CR1 domain from Corynebacterium diphtheriae
关键词 keywords	CR, Complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.80 Å
零角强度 I(0) i0	556127000.00
分子量 molecular_weight	193610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	241250 Å³
包络体积 envelope_volume	339280 Å³
水化壳体积 shell_volume	64049 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.85 Å
包络 Rg envelope_rg	43.54 Å
形状 Rg shape_rg	44.78 Å
总 Rg total_rg	45.05 Å
总原子数 total_atoms	13688
残基数 n_residues	1780
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	556100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.656
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Membrane protein HtaACR1
分子量 formula_weight	18711.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	14103

SFNWGIRQSYRHYILKGAAGKTGGQWATQGIGFSGDKTGIDGAFNFTPGKARIDGNSATIPFPGFIHFKGHDHGSGVYLLDMTFSDWKVVTHGSTADILVDYVSYDSDMSNTKDRGPKITGDDVVLATINLNTPADPASGSIDLSGSTTLSPEGAKLFIAYDVGSPLDPTSGTVALDG

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	257309
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	387

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.703 Å
晶胞边长 b length_b	209.062 Å
晶胞边长 c length_c	153.846 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2201
R_work r_work	0.2165
R_free r_free	0.2482

fit	/app/data/saxs_computation/o0/9o0j/9o0j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o0/9o0j/9o0j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o0/9o0j/9o0j.dat