9o0r

Crystal structure of wild-type KRAS (GDP-bound) in complex with MRTX849 (adagrasib)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o0r
沉积日期 deposition_date	2025-04-03
结构标题 title	Crystal structure of wild-type KRAS (GDP-bound) in complex with MRTX849 (adagrasib)
关键词 keywords	KRAS, RAS, K-ras, KRAS4b, inhibitor, MRTX849, adagrasib, KRAZATI, oncoprotein, ONCOPROTEIN-INHIBITOR complex; ONCOPROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.42 Å
零角强度 I(0) i0	54764100.00
分子量 molecular_weight	37500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35590 Å³
包络体积 envelope_volume	56161 Å³
水化壳体积 shell_volume	22345 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.71 Å
包络 Rg envelope_rg	21.34 Å
形状 Rg shape_rg	21.35 Å
总 Rg total_rg	22.08 Å
总原子数 total_atoms	2799
残基数 n_residues	334
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6767
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.209
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	6.0460
最高正则化参数 α highest_alpha	8538000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 0.911; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.567

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	GTPase KRas
分子量 formula_weight	19328.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2916

GMTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	Adagrasib
分子量 formula_weight	604.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.880 Å
晶胞边长 b length_b	42.598 Å
晶胞边长 c length_c	54.483 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.38 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.70 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	53.440 Å
R 因子 r_factor	0.2089
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2475

fit	/app/data/saxs_computation/o0/9o0r/9o0r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o0/9o0r/9o0r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o0/9o0r/9o0r.dat