9o1c

Pseudomonas aeruginosa ATPase State2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 162.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o1c
沉积日期 deposition_date	2025-04-03
结构标题 title	Pseudomonas aeruginosa ATPase State2
关键词 keywords	ATPase, energy, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.93 Å
零角强度 I(0) i0	2282960000.00
分子量 molecular_weight	396090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	495490 Å³
包络体积 envelope_volume	688730 Å³
水化壳体积 shell_volume	114960 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.1 Å
壳层 Rg shell_rg	56.34 Å
包络 Rg envelope_rg	46.94 Å
形状 Rg shape_rg	46.95 Å
总 Rg total_rg	47.18 Å
总原子数 total_atoms	27826
残基数 n_residues	3650
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2284000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6288
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	59.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.061
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	682800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.044; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.959

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	55451.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	27826

MQQLNPSEISEIIKGRIEKLDVASQARNEGTIVSVSDGIVRIYGLADVMYGEMIEFPGGVYGMALNLEQDSVGAVVLGEYQGLAEGMNAKCTGRILEVPVGPELLGRVVDALGNPIDGKGPIDAKATDAVEKVAPGVIWRKSVDQPVQTGYKSVDAMIPVGRGQRELIIGDRQIGKTALAVDAIINQKDSGIKCVYVAIGQKQSTIANVVRKLEENGALANTIVVAASASESAALQYLAPYSGCTMGEYFRDRGEDALIVYDDLSKQAVAYRQISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERASRVSEEYVEKFTNGAVTGKTGSLTALPIIETQAGDVSAFVPTNVISITDGQIFLESAMFNSGIRPAVNAGISVSRVGGAAQTKIIKKLSGGIRTALAQYRELAAFAQFASDLDEATRKQLEHGQRVTELMKQKQYAPMSIAEMSLSLYAAERGFLQDVEIAKVGSFEQALISYFQREHAALLAKINEKGDFNDEIDAGIKAGIEKFKATQTW

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	50380.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MHHHHHHSSGRIVQIIGAVIDVEFPRDAVPSIYEALKVQGVETTLEVQQQLGDGVVRSIAMGSTEGLKRGLNVDSTGAAISVPVGKATLGRIMDVLGNPIDEAGPIGEEERWGIHREAPSYADQAGGNELLETGIKVIDLVCPFAKGGKVGLFGGAGVGKTVNMMELIRNIAIEHSGYSVFAGVGERTREGNDFYHEMKDSNVLDKVALVYGQMNEPPGNRLRVALTGLTMAEKFRDEGRDVLLFIDNIYRYTLAGTEVSALLGRMPSAVGYQPTLAEEMGVLQERITSTKKGSITSIQAVYVPADDLTDPSPATTFAHLDATVVLSRDIASLGIYPAVDPLDSTSRQLDPLVIGQDHYDTARGVQYVLQRYKELKDIIAILGMDELSEADKLLVARARKIQRFLSQPFFVAEVFTGSPGKYVSLKDTIAGFKGILNGDYDHLPEQAFYMVGGIEEAVEKAKKL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	31593.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAGAKEIRSKIASIKSTQKITNAMEKVAVSKMRKAQMRMAAGRPYAERIRQVIGHLANANPEYRHPFMVEREVKRVGYIVVSSDRGLCGGLNINLFKSLVKDMSGYREQGAEIDLCVIGSKGASFFRSFGGNVVAAISHLGEEPSINDLIGSVKVMLDAYLEGRIDRLFVVSNKFVNTMTQKPTVEQLIPLVADDDQELKHHWDYLYEPDAKSLLDGLLVRYVESQVYQAVVENNACEQAARMIAMKNATDNAGELISDLQLIYNKARQAAITQEISEIVGGAAAV

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	14741.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAITVHCDIVSAEAEIFSGLVEMVIAHGALGDLGIAPGHAPLITDLKPGPIRLVKQGGEQEVYYISGGFLEVQPNMVKVLADTVVRAGDLDEAAAQEALKAAEKALQGKGAEFDYSAAAARLAEAAAQLRTVQQLRKKFGG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta
分子量 formula_weight	19284.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MAELTTLARPYAKAAFEYAQAHQQLADWSAALGVLAAVSQDDTVRQLLKEPQLTSSAKAQSLIDVCGDKLNAPAQNFVRTVAENKRLELLPTIAEMYEQLKAEQEKSVEVEVTSAFTLSKEQQDKLAKALSARLSREVRLHASEDASLIGGVIIRAGDLVIDGSVRGKLAKLAEALKS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	16978.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

MNINATLIGQSVAFFIFVLFCMKFVWPPVIAALQERQKKIADGLDAANRAARDLELAHEKAGQQLREAKAQAAEIVEQAKKRANQIVDEARDQARTEGERLKAQAQAEIEQELNSVKDALRAQVGALAVTGAEKILGASIDANAHEQLVSKLAAEI

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	187531

fit	/app/data/saxs_computation/o1/9o1c/9o1c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o1/9o1c/9o1c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o1/9o1c/9o1c.dat

Pseudomonas aeruginosa ATPase State2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)