9o1d

Pseudomonas aeruginosa ATPase State2a F1Fo focused

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 210.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o1d
沉积日期 deposition_date	2025-04-03
结构标题 title	Pseudomonas aeruginosa ATPase State2a F1Fo focused
关键词 keywords	ATPase, Cryo-EM, single particle, energy, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.20 Å
零角强度 I(0) i0	3696640000.00
分子量 molecular_weight	526370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	665180 Å³
包络体积 envelope_volume	968610 Å³
水化壳体积 shell_volume	126490 Å³
包络直径 envelope_diameter	235.8 Å
壳层 Rg shell_rg	62.53 Å
包络 Rg envelope_rg	65.84 Å
形状 Rg shape_rg	67.21 Å
总 Rg total_rg	67.06 Å
总原子数 total_atoms	36997
残基数 n_residues	4893
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.7 Å
Rg (实空间) rg_real	65.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3685000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7727
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.613
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0021
最高正则化参数 α highest_alpha	562600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.077

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	55451.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	36997

MQQLNPSEISEIIKGRIEKLDVASQARNEGTIVSVSDGIVRIYGLADVMYGEMIEFPGGVYGMALNLEQDSVGAVVLGEYQGLAEGMNAKCTGRILEVPVGPELLGRVVDALGNPIDGKGPIDAKATDAVEKVAPGVIWRKSVDQPVQTGYKSVDAMIPVGRGQRELIIGDRQIGKTALAVDAIINQKDSGIKCVYVAIGQKQSTIANVVRKLEENGALANTIVVAASASESAALQYLAPYSGCTMGEYFRDRGEDALIVYDDLSKQAVAYRQISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERASRVSEEYVEKFTNGAVTGKTGSLTALPIIETQAGDVSAFVPTNVISITDGQIFLESAMFNSGIRPAVNAGISVSRVGGAAQTKIIKKLSGGIRTALAQYRELAAFAQFASDLDEATRKQLEHGQRVTELMKQKQYAPMSIAEMSLSLYAAERGFLQDVEIAKVGSFEQALISYFQREHAALLAKINEKGDFNDEIDAGIKAGIEKFKATQTW

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	50380.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MHHHHHHSSGRIVQIIGAVIDVEFPRDAVPSIYEALKVQGVETTLEVQQQLGDGVVRSIAMGSTEGLKRGLNVDSTGAAISVPVGKATLGRIMDVLGNPIDEAGPIGEEERWGIHREAPSYADQAGGNELLETGIKVIDLVCPFAKGGKVGLFGGAGVGKTVNMMELIRNIAIEHSGYSVFAGVGERTREGNDFYHEMKDSNVLDKVALVYGQMNEPPGNRLRVALTGLTMAEKFRDEGRDVLLFIDNIYRYTLAGTEVSALLGRMPSAVGYQPTLAEEMGVLQERITSTKKGSITSIQAVYVPADDLTDPSPATTFAHLDATVVLSRDIASLGIYPAVDPLDSTSRQLDPLVIGQDHYDTARGVQYVLQRYKELKDIIAILGMDELSEADKLLVARARKIQRFLSQPFFVAEVFTGSPGKYVSLKDTIAGFKGILNGDYDHLPEQAFYMVGGIEEAVEKAKKL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	31593.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAGAKEIRSKIASIKSTQKITNAMEKVAVSKMRKAQMRMAAGRPYAERIRQVIGHLANANPEYRHPFMVEREVKRVGYIVVSSDRGLCGGLNINLFKSLVKDMSGYREQGAEIDLCVIGSKGASFFRSFGGNVVAAISHLGEEPSINDLIGSVKVMLDAYLEGRIDRLFVVSNKFVNTMTQKPTVEQLIPLVADDDQELKHHWDYLYEPDAKSLLDGLLVRYVESQVYQAVVENNACEQAARMIAMKNATDNAGELISDLQLIYNKARQAAITQEISEIVGGAAAV

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	14741.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAITVHCDIVSAEAEIFSGLVEMVIAHGALGDLGIAPGHAPLITDLKPGPIRLVKQGGEQEVYYISGGFLEVQPNMVKVLADTVVRAGDLDEAAAQEALKAAEKALQGKGAEFDYSAAAARLAEAAAQLRTVQQLRKKFGG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit c
分子量 formula_weight	8611.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,L,M,N,O,P,Q,R,S

METVVGLTAIAVALLIGLGALGTAIGFGLLGGKFLEGAARQPEMVPMLQVKMFIVAGLLDAVTMIGVGIALFFTFANPFVGQIAG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta
分子量 formula_weight	19284.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MAELTTLARPYAKAAFEYAQAHQQLADWSAALGVLAAVSQDDTVRQLLKEPQLTSSAKAQSLIDVCGDKLNAPAQNFVRTVAENKRLELLPTIAEMYEQLKAEQEKSVEVEVTSAFTLSKEQQDKLAKALSARLSREVRLHASEDASLIGGVIIRAGDLVIDGSVRGKLAKLAEALKS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	16978.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

MNINATLIGQSVAFFIFVLFCMKFVWPPVIAALQERQKKIADGLDAANRAARDLELAHEKAGQQLREAKAQAAEIVEQAKKRANQIVDEARDQARTEGERLKAQAQAEIEQELNSVKDALRAQVGALAVTGAEKILGASIDANAHEQLVSKLAAEI

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	31944.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MAAETASGYIQHHLQNLTFGRLPNGDWGFAHTAEQAKEMGFWAFHVDTLGWSVLLGVVFLFIFRLAAKKATSGQPGGLQNFVEVMVEFVDTSVKDTFHGRNPLIAPLALTVFVWIFLLNLIDLVPVDYLPMLAAKITGDEHLFFRAVATTDPNATLGLSISVFALIVFYSIKVKGIGGFLGELTLHPFSSKNIVVQILLIPVNFLLEFVTLIAKPVSLALRLFGNMYAGELIFILIAVMFGSGMFLLSALGVALNWAWAVFHILIITLQAFIFMMLTIVYLSMAHEDNH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	15867

fit	/app/data/saxs_computation/o1/9o1d/9o1d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o1/9o1d/9o1d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o1/9o1d/9o1d.dat

Pseudomonas aeruginosa ATPase State2a F1Fo focused

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)