9o4d

GutD in complex with guanine and cWW

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9o4d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9o4d
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9o4d
沉积日期 deposition_date2025-04-08
最后修订 last_revision2026-04-22
结构标题 titleGutD in complex with guanine and cWW
关键词 keywordsP450, dimerase, cyclic dipeptide, guanine, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.02
零角强度 I(0) i0135766000.00
分子量 molecular_weight93024.0 kDa
排除体积 excluded_volume117100 ų
包络体积 envelope_volume140370 ų
水化壳体积 shell_volume40270 ų
包络直径 envelope_diameter96.1
壳层 Rg shell_rg36.60
包络 Rg envelope_rg28.23
形状 Rg shape_rg28.00
总 Rg total_rg28.91
总原子数 total_atoms7023
残基数 n_residues788
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.2
Rg (实空间) rg_real29.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real1.3580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal135800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9019
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.5
偏度 Skewness skewness0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.493
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60120000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.989

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (9)

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)