SAXSdb — 9o4e

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o4e
沉积日期 deposition_date	2025-04-08
结构标题 title	EcAvs2 bound to phage PhiV-1 terminase
关键词 keywords	phage defense, pattern-recognition receptor, nlr, stand, atpase, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.07 Å
零角强度 I(0) i0	7084710000.00
分子量 molecular_weight	728900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	916600 Å³
包络体积 envelope_volume	1419500 Å³
水化壳体积 shell_volume	160310 Å³
包络直径 envelope_diameter	264.2 Å
壳层 Rg shell_rg	69.37 Å
包络 Rg envelope_rg	73.15 Å
形状 Rg shape_rg	75.09 Å
总 Rg total_rg	74.91 Å
总原子数 total_atoms	51540
残基数 n_residues	6292
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	264.7 Å
Rg (实空间) rg_real	75.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5240e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7086000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8560
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	100.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0897
最高正则化参数 α highest_alpha	737100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.730

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	AVAST type 2 anti-phage system protein Avs2
分子量 formula_weight	173314.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	52496

MEPISITVATYVATKLIDQFISQEGYGCIKKALFPQKRYVDRLYQLIEETAIEFEETYPVESGAIPFYHSEPLFEMLNEHIFFKEFPDKEILLDKFKEYPSITPPTQQQLSLFYEMLSLKINNCSKLKKLHIEETYKEKIFDINEELIQVKLILRSIDEKLTFHLSDDWLNEKNSQAIADLGGRYTPELNVKLEIAEIFDGLGRTNDFSKIFYSHIDSFLVAGKKLHSCDVISSELFEINQSLKEISDIYQEINFSKLDEIPINKFNNYVSSCQTAIGGAVSILWELREKSEQVGETKHYSDKYSSTLRMLREFDYACNELRIFINSTTVKLANNPFLLLEGKAGIGKSHLLADVIKNRIASGYPSLLILGQQLTSDESPWSQIFKRLQLKITSREFLEKLNLYGKKTGKRVLVFIDAINEGNGNKFWNDNINSFVDEIRCFEWLGLIMSVRTTYRNVTISHENVVRNNFEIHEHIGFQNVELEAVSLFYDYYNIERPSSPNLNPEFKNPLFLKLLCEGIKKNGLTKVPVGFNGISNIFNFLVEGVNKSLASPKKYAFDPSFPLVKDALNEIIKFKLEIGRNSISLKDAHSVVQSVVNDYVADKTFLSALIDEGLLTKGIVRNDDNSTEEVVYVAFERFDDHLTVNFLLNDVENIESEFKPDGRLKKYFHDECDFYIKSGIVEALSIQLPERYEKELYEFLPEFSNNLKLLEAFIDSLIWRDIKAIDFEKIRPFINEHVFKFKDSFDHFLEAVISISGLVGHPFNANFLHDWLKDYSLANRDSFWTTELKYKYSEDSAFRHLIDWAWARTDKSFVSDESIELVATSLCWFLTSSNRELRDCSTKALVSLLEPRIPVLRKIIDKFYGVNDPYVWERIFAVALGCTLRTDNIKELKYLAETVYQKVFCSKYVYPNILLRDYAREIIEFANHLGLELESIELSKTRPPYNSIWPDKIPSKEELESLYDKEPYRELWSSIMEDGDFSRYTIGTNYNHSDWSGCKFNETPVDRKQVFKTFKCKLTDQQKDLYDATDPFIYDDKCEGIKFGRVVGRKAQEEIKASKKLFKNSLSYDLLSEFENEIEPYLDHNNNLLETDKHFDLRLAQQFIFNRVIELGWDPEKHGNFDQQIGTGRGRREAFQERIGKKYQWIAYYEYMARLADNFTRFEGYGDERKENPYQGPWEPYVRDIDPTILLKETGTKKISNKEMWWLNDEVFDWTCSNEDWVKSSTTITNSYAFIEVKDDNGDEWIVLESHPSWKEPKIIGNDDWGHPRKEVWYQIRSYIVKVEEFENFRCWAIAQDFMGRWMPECTDRYQLFNREYYWSEAFKSFKSDYYGGSDWTSVTDRESGAKIADVSVTSINYLWEEEFDKSKIETLNFLKPSNLIFEKMGLKSGEVEGSFNDENGTMVCFAAEAVYASKPHLLVKKEPFLTMLRDNGFEIVWTLLGEKGVIGGSLISSHHYGRQEFSGAFYYEDSQLTGSHKTSFTR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Terminase, large subunit
分子量 formula_weight	66345.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-,3.1.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MSQSQEAKNALIIAQLKGDFVAFLFVLWKALNLPKPTKCQIDMARTLANGDHKKFILQAFRGIGKSFITCAFVVWVLWRDPQLKVLIVSASKERADANSIFIKNIIDLLPFLSELKPRPGQRDSVISFDVGLAKPDHSPSVKSVGITGQLTGSRADIIIADDVEVPGNSSTSSAREKLWTLVTEFAALLKPLPTSRVIYLGTPQTEMTLYKELEDNKGYSTVIWPAQYPRNDAEALYYGDRLAPMLKAEYDEGFELLRGQPTDPVRFDMDDLRERELEYGKAGYTLQFMLNPNLSDAEKYPLRLRDAIVCAVDPERAPLSYQWLPNRQNRNEELPNVGLKGDDIHAFHTCSSRTAEYQSKILVIDPSGRGKDETGYAVLYSLNGYIYLMEVGGFRGGYDDATLEKLAKKAKQWKVQTVVHESNFGDGMFGKIFSPILLKHHKCALEEIRAKGMKEMRICDTIEPLMGAHKLVIRDEVIREDYQTARDLDGKHDVRYSAFYQMTRMTRERGAVAHDDRIDAIALGIEYLREGMLVDSRVGEEEMTLEFLEHHMEKQTIGGDQIHSFDVGGVDIYYEDEDGGSSFIEW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage PhiV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2744002
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	956

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	353169

fit	/app/data/saxs_computation/o4/9o4e/9o4e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o4/9o4e/9o4e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o4/9o4e/9o4e.dat

EcAvs2 bound to phage PhiV-1 terminase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)