SAXSdb — 9o4f

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o4f
沉积日期 deposition_date	2025-04-08
结构标题 title	Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer Ectodomain
关键词 keywords	Human endogenous retrovirus K, glycoprotein, HERV-K, envelope, pre-fusion, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.06 Å
零角强度 I(0) i0	551410000.00
分子量 molecular_weight	190200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237710 Å³
包络体积 envelope_volume	324530 Å³
水化壳体积 shell_volume	69646 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.29 Å
包络 Rg envelope_rg	37.10 Å
形状 Rg shape_rg	37.05 Å
总 Rg total_rg	37.62 Å
总原子数 total_atoms	13353
残基数 n_residues	1545
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	551500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8753
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.209
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	299800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.924

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Surface protein
分子量 formula_weight	42193.4 kDa
突变 mutation	V437C, S463R, K464R,
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	13353

AAANYTYWAYVPFPPLIRAVTWMDNPIEVYVNDSVWVPGPIDDRCPAKPEEEGMMINISIGYRYPPICLGRAPGCLMPAVQNWLVEVPTVSPISRFTYHMVSGMSLRPRVNYLQDFSYQRSLKFRPKGKPCPKEIPKESKNTEVLVWEECVANSAVILQNNEFGTIIDWAPRGQFYHNCSGQTQSCPSAQVSPAVDSDLTESLDKHKHKKLQSFYPWEWGEKGISTPRPKIISPVSGPEHPELWRLTVASHHIRIWSGNQTLETRDRKPFYTVDLNSSLTVPLQSCVKPPYMLVVGNIVIKPDSQTITCENCRLLTCIDSTFNWQHRILLVRAREGVWIPCSMDRPWEASPSIHILTEVLKGVLNRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Transmembrane protein,Fibritin
分子量 formula_weight	27455.5 kDa
突变 mutation	V498C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

FIFTLIAVIMGLIAVTATAAVAGVALHSSVQSCNFVNDWQKNSTRLWNSQSSIDQKLANQINDLRQTVIWMGDRLMSLEHRFQLQCDWNTSDFCITPQIYNESEHHWDMVRRHLQGREDNLTLDISKLKEQIFEASKAHLNLVPGTEAIAGVADGLANLNPVTWVKTDDDDKAGGSGGSGGSGGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLASGLEVLFQGPGAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
通用名 common_name	Bacteriophage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	81000

fit	/app/data/saxs_computation/o4/9o4f/9o4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o4/9o4f/9o4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o4/9o4f/9o4f.dat

Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer Ectodomain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)