9o5i

Crystal structure of GutD2774

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o5i
沉积日期 deposition_date	2025-04-10
最后修订 last_revision	2026-04-15
结构标题 title	Crystal structure of GutD2774
关键词 keywords	P450, dimerase, guanitrypmycin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.16 Å
零角强度 I(0) i0	131115000.00
分子量 molecular_weight	91252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114810 Å³
包络体积 envelope_volume	138630 Å³
水化壳体积 shell_volume	39874 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.50 Å
包络 Rg envelope_rg	28.29 Å
形状 Rg shape_rg	28.14 Å
总 Rg total_rg	29.04 Å
总原子数 total_atoms	6718
残基数 n_residues	787
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	131100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7168
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.4670
最高正则化参数 α highest_alpha	44760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.681

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450 121
分子量 formula_weight	45578.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7658

MGTVEPLETLEFPLSRRGDVMPAECAALREKAPVARVRTLTGDSAWLVSSHALAKQVLEDERFSLRHTASEGVPRQYALTIPPEVVNNMGNINSAGLRSAVMKALNPRAAGLTEWLRATADELIDALLTEGPPADFRAGFADPFSAALHCRVIGVPFGEWRRLMSGLDIAFMTSAEPFDGSRVNWYKDVDLMVRRLNAPPERRSGLLGALAALREERESAHLTDEMLATVAVSLFGAGAVSTSSFLVLAVLALLQHPELIGYLREHPERMDRAVEELLRWNLSIGDGLPRIALEDVRLGETLVRKGELVLVLVEAANFDPAVFKDPERLDLAREDNPHLSFGAGRHFCPATALGRAHAATALAALVERMPELRLAVPPEQLVWRTGFIKRLPERLPVLWLVPRGSGSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces purpureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1951
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	773

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.948 Å
晶胞边长 b length_b	108.395 Å
晶胞边长 c length_c	120.064 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	17.700 Å
R 因子 r_factor	0.1478
R_work r_work	0.1466
R_free r_free	0.1858

fit	/app/data/saxs_computation/o5/9o5i/9o5i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/9o5i/9o5i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/9o5i/9o5i.dat