SAXSdb — 9o62

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o62
沉积日期 deposition_date	2025-04-10
结构标题 title	1C5H TCR bound to R-phycoerythrin
关键词 keywords	T-cell, gamma delta TCR, phycoerythrin, direct, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.42 Å
零角强度 I(0) i0	1107060000.00
分子量 molecular_weight	275900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	345060 Å³
包络体积 envelope_volume	458090 Å³
水化壳体积 shell_volume	81883 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.03 Å
包络 Rg envelope_rg	45.62 Å
形状 Rg shape_rg	46.45 Å
总 Rg total_rg	46.53 Å
总原子数 total_atoms	19376
残基数 n_residues	2425
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1107000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8571
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.186
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	145500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.765

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	R-phycoerythrin class I alpha subunit
分子量 formula_weight	17707.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	19376

MKSVITTTISAADAAGRFPSSSDLESVQGNIQRAASRLEAAEKLAGNHEAVVKEAGDACFAKYPYLKNPGEAGDSQEKINKCYRDIDHYMRLINYSLVVGGTGPLDEWGIAGAREVYRALNLPGSSYIAAFVFTRDRLCVPRDMSAQAAVEFSGALDYVINSLC

Entity 2 polymer

描述 description	R-phycoerythrin class I beta subunit
分子量 formula_weight	18336.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MLDAFSRVVVNSDSKAAYVSGSDLQALKTFIADGNKRLDAVNSIVSNASCIVSDAVSGMICENPGLIAPGGNCYTNRRMAACLRDGEIILRYTSYALLAGDSSVLEDRCLNGLKETYIALGVPTNSTARAVSIMKSSAVAFISNTAPQRKMATAAGDCSALSSEVASYCDKVSAAI

Entity 3 polymer

描述 description	1C5H TCR delta chain
分子量 formula_weight	26886.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

AQKVTQAQSSVSMPVRKAVTLNCLYETSWWSYYIFWYKQLPSKEMIFLIRQGSDEQNAKSGRYSVNFKKAAKSVALTISALQLEDSAKYFCALGAPHTYWGISTDLSSWDTRQMFFGTGIKLFVEPRSQPHTKPSVFVMKNGTNVACLVKEFYPKDIRINLVSSKKITEFDPAIVISPSGKYNAVKLGKYEDSNSVTCSVQHDNKTVHSTDFEVKTDSTDHVKPKETENTKQPSKSASG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	TCR gamma chain
分子量 formula_weight	27014.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

SSNLEGGTKSVTRPTRSSAEITCDLTVINAFYIHWYLHQEGKAPQRLLYYDVSNSKDVLESGLSPGKYYTHTPRRWSWILILRNLIENDSGVYYCATWDRPSKLFGSGTTLVVTDKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDVIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEESLDKEHRCIVRHENNKNGVDQEIIFPPIKTDVITMDPKDNASG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHYCOERYTHROBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHYCOUROBILIN
分子量 formula_weight	590.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	45513

fit	/app/data/saxs_computation/o6/9o62/9o62.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/9o62/9o62.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/9o62/9o62.dat

1C5H TCR bound to R-phycoerythrin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)