9o68

Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella aerogenes (tryptophan bound)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o68
沉积日期 deposition_date	2025-04-11
最后修订 last_revision	2025-04-23
结构标题 title	Crystal Structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Klebsiella aerogenes (tryptophan bound)
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Tryptophanyl-tRNA synthetase, Klebsiella aerogenes, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.08 Å
零角强度 I(0) i0	79242400.00
分子量 molecular_weight	70601.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88315 Å³
包络体积 envelope_volume	109220 Å³
水化壳体积 shell_volume	31922 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.79 Å
包络 Rg envelope_rg	32.49 Å
形状 Rg shape_rg	32.02 Å
总 Rg total_rg	32.48 Å
总原子数 total_atoms	4964
残基数 n_residues	641
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5526
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.790
峰度 Kurtosis kurtosis	0.281
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.428; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.502; Smooth: 0.886

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan--tRNA ligase
分子量 formula_weight	39766.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5112

MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSMTKPIVFSGAQPSGELTIGNYMGALRQWVNMQDDYHCIYCIVDQHAITVRQDPQNLRKATLDTLALYLACGIDPQKSTIFVQSHVPEHAQLGWALNCYTYFGELSRMTQFKDKSARYAENINAGLFDYPVLMAADILLYQTNQVPVGEDQKQHLELSRDVAQRFNAIYGDIFKVPEPFIPKSGARVMSLLEPTKKMSKSDDNRNNVIGLLEDPKSVVKKIKRAVTDSDEPPVVRYDVQNKAGVSNLLDILSAVTGQSIPELEQHFEGKMYGHLKGEVAEAVSGMLTELQERYHRFRNDEAFLNQVMKEGAEKASAHASKTLKAVYEAIGFVAKP

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes KCTC 2190
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1028307
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHAN
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	148

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.054 Å
晶胞边长 b length_b	120.798 Å
晶胞边长 c length_c	55.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	48.880 Å
R 因子 r_factor	0.1821
R_work r_work	0.1799
R_free r_free	0.2225

fit	/app/data/saxs_computation/o6/9o68/9o68.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/9o68/9o68.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/9o68/9o68.dat