9o7g

CHIP E3 ligase U-box-Fab H1 epitope focused refinement

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 64.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o7g
沉积日期 deposition_date	2025-04-15
结构标题 title	CHIP E3 ligase U-box-Fab H1 epitope focused refinement
关键词 keywords	U-box E3 ligase, Fab, Cryo-EM, Protein degradation, LIGASE-IMMUNE SYSTEM complex; LIGASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.62 Å
零角强度 I(0) i0	19752900.00
分子量 molecular_weight	32856.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40755 Å³
包络体积 envelope_volume	48804 Å³
水化壳体积 shell_volume	20839 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.95 Å
包络 Rg envelope_rg	19.87 Å
形状 Rg shape_rg	19.57 Å
总 Rg total_rg	20.63 Å
总原子数 total_atoms	4544
残基数 n_residues	303
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6729
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.180
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0022
最高正则化参数 α highest_alpha	7704000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	H1 Fab light chain
分子量 formula_weight	13265.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4544

VQLVQSGSEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYGISWVRQAPGQGLEWMGWISAYNGNTNYAQNFQGRVTMTTDTSTKTAYMELRSLRSDDTAVYFCARSGYSGYDNNLGAFDIWGQGTMVTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
分子量 formula_weight	8871.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIPDYLCGKISFELMREPCITPSGITYDRKDIEEHLQRVGHFDPVTRSPLTQEQLIPNLAMKEVIDAFISENGWVED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	H1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	11385.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SVVTQPPSVSAAPGQKVTISCSGTSSNIGNSYVTWYQQLPGAAPKLLIYDNNKRPSGIPDRFSGSKSGTSATLGITGLQTGDEADYYCATWDSSLTAGRVFGGGTRLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	482143

fit	/app/data/saxs_computation/o7/9o7g/9o7g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o7/9o7g/9o7g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o7/9o7g/9o7g.dat

CHIP E3 ligase U-box-Fab H1 epitope focused refinement

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)