SAXSdb — 9oad

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oad
沉积日期 deposition_date	2025-04-21
结构标题 title	C1 reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Portal and Portal Vertex
关键词 keywords	bacteriophage, thermophilic, Neck, Portal, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	88.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	88.48 Å
零角强度 I(0) i0	34661300000.00
分子量 molecular_weight	1583300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1976000 Å³
包络体积 envelope_volume	3135300 Å³
水化壳体积 shell_volume	285420 Å³
包络直径 envelope_diameter	305.1 Å
壳层 Rg shell_rg	89.87 Å
包络 Rg envelope_rg	89.29 Å
形状 Rg shape_rg	88.55 Å
总 Rg total_rg	88.24 Å
总原子数 total_atoms	111630
残基数 n_residues	13549
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	236.5 Å
Rg (实空间) rg_real	84.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3200e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7580e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	87.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34600000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9165
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	105.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.562
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7249
最高正则化参数 α highest_alpha	4470000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Major head protein
分子量 formula_weight	46680.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ab,Ac,Ad,Ae,Af,Ag,Ah,Ai,Aj,Ak,Al,Am,An,Ao,Ap,Aq,Ar,As,At
原子数 atom_count	111630

MRVPININNALARVRDPLSIGGLKFPTTKEIQEAVAAIADKFNQENDLVDRFFPEDSTFASELELYLLRTQDAEQTGMTFVHQVGSTSLPVEARVAKVDLAKATWSPLAFKESRVWDEKEILYLGRLADEVQAGVINEQIAESLTWLMARMRNRRRWLTWQVMRTGRITIQPNDPYNPNGLKYVIDYGVTDIELPLPQKFDAKDGNGNSAVDPIQYFRDLIKAATYFPDRRPVAIIVGPGFDEVLADNTFVQKYVEYEKGWVVGQNTVQPPREVYRQAALDIFKRYTGLEVMVYDKTYRDQDGSVKYWIPVGELIVLNQSTGPVGRFVYTAHVAGQRNGKVVYATGPYLTVKDHLQDDPPYYAIIAGFHGLPQLSGYNTEDFSFHRFKWLKYANNVQSYLPPFPPKVEL

Entity 2 polymer

描述 description	P74-26 Head Decoration Protein
分子量 formula_weight	16376.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ba,Bb,Bc,Bd,Be,Bf,Bg,Bh,Bi,Bj,Bk,Bl,Bm,Bn,Bo,Bp,Bq,Br,Bs,Bt

MDKIQLFRTIGRVQYWERVPRLHAYGVFALPFPMDPDVEWGNWFAGPHPKAFLVSVHPSGPKAGHVYPTDLSDPDSVANVIGMVLDGHDYEADHNVTVTLRAAVPIEYVQQGIEAPPLQPDPAVLNAAPQLKLKVIKGHYFFDYTR

Entity 3 polymer

描述 description	Portal Vertex Protein
分子量 formula_weight	8431.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ca,Cb,Cc,Cd,Ce

MRPRRYENPELEQDDLPQPRRKTAYRVYASRRDGKISAWFVVEADSAEEALQLVEQGVYGKGWVPVTAEVLTP

Entity 4 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	49731.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Da,Db,Dc,Dd,De,Df,Dg,Dh,Di,Dj,Dk,Dl

MAKRGRKPKELVPGPGSIDPSDVPKLEGASVPVMSTSYDVVVDREFDELLQGKDGLLVYHKMLSDGTVKNALNYIFGRIRSAKWYVEPASTDPEDIAIAAFIHAQLGIDDASVGKYPFGRLFAIYENAYIYGMAAGEIVLTLGADGKLILDKIVPIHPFNIDEVLYDEEGGPKALKLSGEVKGGSQFVSGLEIPIWKTVVFLHNDDGSFTGQSALRAAVPHWLAKRALILLINHGLERFMIGVPTLTIPKSVRQGTKQWEAAKEIVKNFVQKPRHGIILPDDWKFDTVDLKSAMPDAIPYLTYHDAGIARALGIDFNTVQLNMGVQAINIGEFVSLTQQTIISLQREFASAVNLYLIPKLVLPNWPSATRFPRLTFEMEERNDFSAAANLMGMLINAVKDSEDIPTELKALIDALPSKMRRALGVVDEVREAVRQPADSRYLYTRRRR

Entity 5 polymer

描述 description	Adaptor (P74p90)
分子量 formula_weight	14556.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ea,Eb,Ec,Ed,Ee,Ef,Eg,Eh,Ei,Ej,Ek,El

MLPEVSVDEVWYYMPAEVRRPEEVVREGQGGVSLAAFRHIKNGVLAEAASHLKANGVPEGLWNHELIRDYILMQIAARILRRVRAYQELADSLFADSNIKLRAFLEGVAQVAPDVGTGDWVEDEAILPPF

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9385.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Ja,Jc,Je,Jg,Ji

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

Entity 7 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9664.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Jb,Jd,Jf,Jh,Jj

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	39382

fit	/app/data/saxs_computation/oa/9oad/9oad.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/9oad/9oad.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/9oad/9oad.dat

C1 reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Portal and Portal Vertex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)