9oae

Composite reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Neck and Portal Vertex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 254.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oae
沉积日期 deposition_date	2025-04-21
结构标题 title	Composite reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Neck and Portal Vertex
关键词 keywords	bacteriophage, thermophilic, Neck, Portal, VIRUS, VIRUS-DNA complex; VIRUS/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	99.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	98.70 Å
零角强度 I(0) i0	83418100000.00
分子量 molecular_weight	2461800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	3072600 Å³
包络体积 envelope_volume	4897400 Å³
水化壳体积 shell_volume	394670 Å³
包络直径 envelope_diameter	308.8 Å
壳层 Rg shell_rg	103.20 Å
包络 Rg envelope_rg	97.32 Å
形状 Rg shape_rg	98.71 Å
总 Rg total_rg	98.69 Å
总原子数 total_atoms	173562
残基数 n_residues	21241
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	254.0 Å
Rg (实空间) rg_real	96.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9970e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4030e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	100.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83830000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9103
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	111.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.114
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.626
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8530
最高正则化参数 α highest_alpha	5946000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.946; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Major head protein
分子量 formula_weight	46680.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ab,Ac,Ad,Ae,Af,Ag,Ah,Ai,Aj,Ak,Al,Am,An,Ao,Ap,Aq,Ar,As,At
原子数 atom_count	173562

MRVPININNALARVRDPLSIGGLKFPTTKEIQEAVAAIADKFNQENDLVDRFFPEDSTFASELELYLLRTQDAEQTGMTFVHQVGSTSLPVEARVAKVDLAKATWSPLAFKESRVWDEKEILYLGRLADEVQAGVINEQIAESLTWLMARMRNRRRWLTWQVMRTGRITIQPNDPYNPNGLKYVIDYGVTDIELPLPQKFDAKDGNGNSAVDPIQYFRDLIKAATYFPDRRPVAIIVGPGFDEVLADNTFVQKYVEYEKGWVVGQNTVQPPREVYRQAALDIFKRYTGLEVMVYDKTYRDQDGSVKYWIPVGELIVLNQSTGPVGRFVYTAHVAGQRNGKVVYATGPYLTVKDHLQDDPPYYAIIAGFHGLPQLSGYNTEDFSFHRFKWLKYANNVQSYLPPFPPKVEL

Entity 2 polymer

描述 description	P74-26 Head Decoration Protein
分子量 formula_weight	16376.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ba,Bb,Bc,Bd,Be,Bf,Bg,Bh,Bi,Bj,Bk,Bl,Bm,Bn,Bo,Bp,Bq,Br,Bs,Bt

MDKIQLFRTIGRVQYWERVPRLHAYGVFALPFPMDPDVEWGNWFAGPHPKAFLVSVHPSGPKAGHVYPTDLSDPDSVANVIGMVLDGHDYEADHNVTVTLRAAVPIEYVQQGIEAPPLQPDPAVLNAAPQLKLKVIKGHYFFDYTR

Entity 3 polymer

描述 description	Portal Vertex Protein
分子量 formula_weight	8431.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ca,Cb,Cc,Cd,Ce

MRPRRYENPELEQDDLPQPRRKTAYRVYASRRDGKISAWFVVEADSAEEALQLVEQGVYGKGWVPVTAEVLTP

Entity 4 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	46634.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Da,Db,Dc,Dd,De,Df,Dg,Dh,Di,Dj,Dk,Dl

GPGSIDPSDVPKLEGASVPVMSTSYDVVVDREFDELLQGKDGLLVYHKMLSDGTVKNALNYIFGRIRSAKWYVEPASTDPEDIAIAAFIHAQLGIDDASVGKYPFGRLFAIYENAYIYGMAAGEIVLTLGADGKLILDKIVPIHPFNIDEVLYDEEGGPKALKLSGEVKGGSQFVSGLEIPIWKTVVFLHNDDGSFTGQSALRAAVPHWLAKRALILLINHGLERFMIGVPTLTIPKSVRQGTKQWEAAKEIVKNFVQKPRHGIILPDDWKFDTVDLKSAMPDAIPYLTYHDAGIARALGIDFNTVQLNMGVQAINIGEFVSLTQQTIISLQREFASAVNLYLIPKLVLPNWPSATRFPRLTFEMEERNDFSAAANLMGMLINAVKDSEDIPTELKALIDALPSKMRRALGVVDEVREAVRQP

Entity 5 polymer

描述 description	Adaptor (P74p90)
分子量 formula_weight	14556.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ea,Eb,Ec,Ed,Ee,Ef,Eg,Eh,Ei,Ej,Ek,El

MLPEVSVDEVWYYMPAEVRRPEEVVREGQGGVSLAAFRHIKNGVLAEAASHLKANGVPEGLWNHELIRDYILMQIAARILRRVRAYQELADSLFADSNIKLRAFLEGVAQVAPDVGTGDWVEDEAILPPF

Entity 6 polymer

描述 description	Tail terminator
分子量 formula_weight	17584.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Fa,Fb,Fc,Fd,Fe,Ff

MNPDLKAAHHLKALLENFTWEYPDGEEGRFHQIDVGYFSRPSGYPYAAIHSAKSSAPVVRLGMGAGTLARRFEIELVLTIEYEDPDPQRGYERLTTLRWEVFRHLVLNAQAIPGVEFTDLDEATIEAVTEDDGGFERWGFYGMVLIPIKVVLNPQ

Entity 7 polymer

描述 description	Collar (P74p112)
分子量 formula_weight	16145.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ga,Gb,Gc,Gd,Ge,Gf,Gg,Gh,Gi,Gj,Gk,Gl,Ha,Hb,Hc,Hd,He,Hf,Hg,Hh,Hi,Hj,Hk,Hl

MVIDYTITRGTLFVVPASGSVMEVFSPQDGFPLLKLRQENGVFYLKPETTSLLAFSYGHYYVYDENRVLKQRGLLRVQGNLYAPANAQVELLTFRGPGPHQVPALSGQPLLFVNGVLYQDYQLADGVLQVNGVQPEDEVVLVMLGG

Entity 8 polymer

描述 description	Tail Tube Protein gp93
分子量 formula_weight	37955.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ia,Ib,Ic,Id,Ie,If

MRGVDTFLAFKEQADLKTPATLASLAAGDFLAFNSESLSGRQQVIQSRAIRRMPMRQIAYTANGTVEAGGAVEFTTSNYVLKKLLPLIFHSKTGQEDDPDGDGATFTLVNGGVLTPFTAFVGFDGPEGKYVRRFFGAKVNQATFSARVNDMLNLNLDVQAIGKDILQPGDPGWVNVTPVYPGGDEEYAYVFYQARVLIKAGDMADLAELPVESFDLTINHNLNTNRYRLGSIYRQSLDEGVTEVTGTFTLDAAVKSISGPALNLTGGTAHDPAFLEKVALYGKYAALKLEFIDPTREVAEGVPCRLTIHLPFVRLEEPDFQVRDPGVITGSARFNAYETISVTHVAKF

Entity 9 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9385.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Ja,Jc,Je,Jg,Ji

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

Entity 10 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9664.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Jb,Jd,Jf,Jh,Jj

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Entity 11 polymer

描述 description	DNA (66-MER)
分子量 formula_weight	20091.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Ka

ACCCACATCAGCCCACACGCAGGGGAGAAAATTCTGCTGTCCTTCGCCAGTTGCATCTCTACCTCC

Entity 12 polymer

描述 description	DNA (66-MER)
分子量 formula_weight	20603.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Kb

GGAGGTAGAGATGCAACTGGCGAAGGACAGCAGAATTTTCTCCCCTGCGTGTGGGCTGATGTGGGT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90827

fit	/app/data/saxs_computation/oa/9oae/9oae.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/9oae/9oae.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/9oae/9oae.dat

Composite reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Neck and Portal Vertex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)