9oao

;Crystal structure of antibody Fab G001-0087 from IAVI G001 human trial in complex with a germline-targeting gp120 engineered outer domain eOD-GT8-mingly ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oao
沉积日期 deposition_date	2025-04-21
最后修订 last_revision	2025-06-25
结构标题 title	;Crystal structure of antibody Fab G001-0087 from IAVI G001 human trial in complex with a germline-targeting gp120 engineered outer domain eOD-GT8-mingly ;
关键词 keywords	HIV-1 Envelope antibody, HIV CD4 binding site antibody, IAVI G001 clinical trial, Germline-targeting immunogen, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.43 Å
零角强度 I(0) i0	69600100.00
分子量 molecular_weight	64545.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80219 Å³
包络体积 envelope_volume	104760 Å³
水化壳体积 shell_volume	30492 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.59 Å
包络 Rg envelope_rg	30.30 Å
形状 Rg shape_rg	30.37 Å
总 Rg total_rg	31.06 Å
总原子数 total_atoms	4544
残基数 n_residues	587
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6368
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.511
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.319
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	12970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.077; Positv: 1.000; Valcen: 0.806; Smooth: 0.805

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	G001-0087 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23800.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	4696

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGNYIHWVRQAPGQGLEWVGWLNPNSGGTNYAQQFQGRVTMTRDTSISTAYMELNRLRSDDTAVFYCARGLWQWEFRYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	G001-0087 Fab light chain
分子量 formula_weight	22839.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDCAVYYCQQYEGFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8-mingly
分子量 formula_weight	19889.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ETGDTITLPCRPAPPPHCSSNITGLILTRQGGYSNANTVIFRPSGGDWRDIARCQIAGTVVSTQLFLNGSLAEEEVVIRSEDWRDNAKSICVQLATSVEIACTGAGHCAISRAKWANTLKQIASKLREQYGAKTIIFKPSSGGDPEFVNHSFNCGGEFFYCASTQLFASTWFASTGTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.500 Å
晶胞边长 b length_b	136.171 Å
晶胞边长 c length_c	152.944 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	47.740 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2383
R_free r_free	0.2526

fit	/app/data/saxs_computation/oa/9oao/9oao.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/9oao/9oao.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/9oao/9oao.dat

;Crystal structure of antibody Fab G001-0087 from IAVI G001 human trial in complex with a germline-targeting gp120 engineered outer domain eOD-GT8-mingly ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)