9oay

TNA polymerase, 8-64, ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oay
沉积日期 deposition_date	2025-04-21
结构标题 title	TNA polymerase, 8-64, ternary complex
关键词 keywords	Enzyme Engineering, B-Family Polymerase, TNA Polymerase, Polymerase, Ternary Complex, TRANSFERASE, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.15 Å
零角强度 I(0) i0	163090000.00
分子量 molecular_weight	97129.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119710 Å³
包络体积 envelope_volume	149410 Å³
水化壳体积 shell_volume	41710 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.38 Å
包络 Rg envelope_rg	29.08 Å
形状 Rg shape_rg	29.16 Å
总 Rg total_rg	29.86 Å
总原子数 total_atoms	6807
残基数 n_residues	780
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9064
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	8-64, TNA polymerase
分子量 formula_weight	87041.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6875

MILDTDYITEDGKPVIRIFKKENGEFKIEYDRTFEPYFYALLKDDSAIEEVKKITAERHGTVVTVKRVEKVQKKFLGRPVEVWKLYFTHPQDVPAIRDRIRAHPAVVDIYEYDIPFAKRYLIDKGLIPMEGDEELTMLAFAIATLYHEGEEFAEGPILMISYADEEGARVITWKNVDLPYVDVVSTEREMIKRFLRVVKEKDPDVLITYNGDNFDFAYLKKRCEKLGINFALGRDGSEPKIQRMGDRFAVEVKGRIHFDLYPVIRRTINLPTYTLEAVYEAVFGKPKEKVYAEEIAQAWETGEGLERVARYSMEDAKVTYELGKEFLPMEAQLSRLVGQPLWDVSRSSTGNLVEWYLLRKAYERNELAPNKPDEREYERRLRESYAGGYVKEPEKGLWENIVYLDFRSLYPSIIITHNVSPDTLNREGCKEYDVAPQVGHRFCKDFPGFIPSLLGDLLEERQKIKRKMKATVDPLEKKLLDYRQRRIKILASSYYGYYGYARARWYCKECAESVTAWGRQYIETTIREIEEKFGFKVLYADTDGFFATIPGADAETVKKKAKEFLDYINAKLPGLLELEYEGFYKRGFFVTKKKYAVIDEEDKITTGGLEIVRRGWSEIAKETQARVLEALLKDGDVEKAVRIVKEVTEKLSKYEVPPEKLVIHEQITRDLRDYKATGPHVAVAKRLAARGVKIRPGTVISYIVLKGSGRIGDRAISFDEFDPAKHKYDAEYYIENQVLPPVERILRACG

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Template
分子量 formula_weight	6439.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TATGCACGTACGCAGTTCGCG

Entity 3 polymer

描述 description	Primer
分子量 formula_weight	3633.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CGCGAACTGCGX

Entity 4 non-polymer

描述 description	[(3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] [oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl] hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	477.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	68

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.713 Å
晶胞边长 b length_b	101.530 Å
晶胞边长 c length_c	110.675 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	48.590 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2162
R_free r_free	0.2660

fit	/app/data/saxs_computation/oa/9oay/9oay.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/9oay/9oay.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/9oay/9oay.dat

TNA polymerase, 8-64, ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)