9obo

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyase 2 fixed in the apo form with disulfide bonds

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 189.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9obo
沉积日期 deposition_date	2025-04-22
结构标题 title	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyase 2 fixed in the apo form with disulfide bonds
关键词 keywords	isocitrate lyase, glyoxylate shunt, metabolism, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.20 Å
零角强度 I(0) i0	1651130000.00
分子量 molecular_weight	332870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	414630 Å³
包络体积 envelope_volume	554370 Å³
水化壳体积 shell_volume	92461 Å³
包络直径 envelope_diameter	203.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.57 Å
包络 Rg envelope_rg	53.53 Å
形状 Rg shape_rg	52.16 Å
总 Rg total_rg	52.34 Å
总原子数 total_atoms	23464
残基数 n_residues	2982
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1649000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7499
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.825
峰度 Kurtosis kurtosis	0.521
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	361800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.482; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.789; Smooth: 0.510

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Isocitrate lyase 2
分子量 formula_weight	85411.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.1
突变 mutation	Q635C, V708C, V734C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24231

MAIAETDTEVHTPFEQDFEKDVAATQRYFDSSRFAGIIRLYTARQVVEQRGTIPVDHIVAREAAGAFYERLRELFAARKSITTFGPYSPGQAVSMKRMGIEAIYLGGWATSAKGSSTEDPGPDLASYPLSQVPDDAAVLVRALLTADRNQHYLRLQMSERQRAATPAYDFRPFIIADADTGHGGDPHVRNLIRRFVEVGVPGYHIEDQRPGTKKCGHQGGKVLVPSDEQIKRLNAARFQLDIMRVPGIIVARTDAEAANLIDSRADERDQPFLLGATKLDVPSYKSCFLAMVRRFYELGVKELNGHLLYALGDSEYAAAGGWLERQGIFGLVSDAVNAWREDGQQSIDGIFDQVESRFVAAWEDDAGLMTYGEAVADVLEFGQSEGEPIGMAPEEWRAFAARASLHAARAKAKELGADPPWDCELAKTPEGYYQIRGGIPYAIAKSLAAAPFADILWMETKTADLADARQFAEAIHAEFPDQMLAYNLSPSFNWDTTGMTDEEMRRFPEELGKMGFVFNFITYGGHQIDGVAAEEFATALRQDGMLALARLQRKMRLVESPYRTPQTLVGGPRSDAALAASSGRTATTKAMGKGSTQHQHLVQTEVPRKLLEEWLAMWSGHYQLKDKLRVQLRPCRAGSEVLELGIHGESDDKLANVIFQPIQDRRGRTILLVRDQNTFGAELRQKRLMTLIHLWLVHRFKAQAVHYCTPTDDNLYQTSKMKSHGIFTEVNQECGEIIVAEVNHPRIAELLTPDRVALRKLITKEA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis CDC1551
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	715

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.700 Å
晶胞边长 b length_b	170.864 Å
晶胞边长 c length_c	104.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.546 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	0.2235

fit	/app/data/saxs_computation/ob/9obo/9obo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ob/9obo/9obo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ob/9obo/9obo.dat

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis isocitrate lyase 2 fixed in the apo form with disulfide bonds

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction