SAXSdb — 9oea

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oea
沉积日期 deposition_date	2025-04-28
结构标题 title	SIPV1-5E12 Complex
关键词 keywords	Virus, Antibody, Complex; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.88 Å
零角强度 I(0) i0	220016000.00
分子量 molecular_weight	118570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148100 Å³
包络体积 envelope_volume	194840 Å³
水化壳体积 shell_volume	47911 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.40 Å
包络 Rg envelope_rg	34.08 Å
形状 Rg shape_rg	33.85 Å
总 Rg total_rg	34.50 Å
总原子数 total_atoms	16483
残基数 n_residues	1065
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	220000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6559
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.270
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.917

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	33492.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	16483

GLGQMLESMIDNTVRETVGAATSRDALPNTEASGPAHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVAIITVDNSASTKNKDKLFTVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMEFTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	30110.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDDNQTSPARRFCPVDYLFGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26593.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSAKKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLMRDTTHIEQKALAQ

Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7409.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTSPMLN

Entity 5 polymer

描述 description	5E12 Heavy Chain
分子量 formula_weight	14329.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGGGVVQPGRSLKLSCAASGFTFSTYAMHWVRQAPGKGLEWVAVMWNDGLNKYYAESGKGRFTIFRDNFKSTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDRSRYCSNISCSRFIFDYWGQGTLVTVSS

Entity 6 polymer

描述 description	5E12 Light Chain
分子量 formula_weight	11552.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDINNYLNWYQQKPGKAPNLLIYDASNLETGVPSRFSGGGSGTDFTLTISSLQPEDVATYHCQHYDNLPLSFGGGTKVEIK

Entity 7 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.840 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	26641

fit	/app/data/saxs_computation/oe/9oea/9oea.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/9oea/9oea.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/9oea/9oea.dat

SIPV1-5E12 Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)