9oed

Ab1999 in complex with HIV-1 Env RC1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 151.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oed
沉积日期 deposition_date	2025-04-28
结构标题 title	Ab1999 in complex with HIV-1 Env RC1
关键词 keywords	HIV-1 Env, antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.38 Å
零角强度 I(0) i0	786830000.00
分子量 molecular_weight	229040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	285670 Å³
包络体积 envelope_volume	412460 Å³
水化壳体积 shell_volume	75241 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.8 Å
壳层 Rg shell_rg	50.64 Å
包络 Rg envelope_rg	44.60 Å
形状 Rg shape_rg	45.39 Å
总 Rg total_rg	45.59 Å
总原子数 total_atoms	16054
残基数 n_residues	1920
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.9 Å
Rg (实空间) rg_real	45.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	787000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.845

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Ab1999 Fab Heavy Chain variable region
分子量 formula_weight	14014.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16054

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGGSISDDYSWSWIRQPPGKGLEWIGYIYGSGGGTNYNPSLKNRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARIFAFITVFGVVTPEDNWFDVWGPGVLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Ab1999 Fab Light Chain variable region
分子量 formula_weight	11585.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSINNYLHWYQQRAGEAPKLLIYAASALQTGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDVATYYCQHSYGTPYSFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	54093.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,C,E

GSNLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNYAPNLLSNMRGELKQCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTPVQINCTRPNNNTVKSIRIGPGQAFYYFGDIIGDIRMAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSIVLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Transmembrane protein gp41
分子量 formula_weight	17134.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,D,F

AVGIGAVSLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94081

fit	/app/data/saxs_computation/oe/9oed/9oed.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/9oed/9oed.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/9oed/9oed.dat

Ab1999 in complex with HIV-1 Env RC1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)