9oer

HalA with lysine, Fe(II), chloride, and a peroxyhemiketal intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oer
沉积日期 deposition_date	2025-04-29
结构标题 title	HalA with lysine, Fe(II), chloride, and a peroxyhemiketal intermediate
关键词 keywords	Halogenase, Fe/2OG oxidase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.48 Å
零角强度 I(0) i0	1499640000.00
分子量 molecular_weight	207850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198860 Å³
包络体积 envelope_volume	351540 Å³
水化壳体积 shell_volume	73322 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.59 Å
包络 Rg envelope_rg	37.79 Å
形状 Rg shape_rg	38.48 Å
总 Rg total_rg	38.79 Å
总原子数 total_atoms	15723
残基数 n_residues	2014
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5000e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1500000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6646
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.139
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	208600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.880

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine halogenase
分子量 formula_weight	29815.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	16420

MNVEQIDENLAKFLAERYTPESVAQLADRFHRFGFVKFDAANRLVPDELQTAVREECDLLIEQHKERRNLLLSTTGNTPRRMSVVKSEEIEKSELISTLSRSEVLLGFLAGITREEIIPEVSSDERYLITHQEFKSDTHGWHWGDYSFALIWALRMPPIEHGGMLQAVPHTHWDKSNPRINQTLCEREINTHGLESGDLYLLRTDTTLHRTVPLSEDSTRTILNMTWAAKRDLEKDLVGNDRWWENPEAEAARAVDNA

来源 Source

来源生物 organism	Actinoplanes teichomyceticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1867
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	(4R)-4-chloro-L-lysine
分子量 formula_weight	180.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	(2S)-2-hydroperoxy-2-hydroxypentanedioic acid
分子量 formula_weight	180.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	697

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.300 Å
晶胞边长 b length_b	147.300 Å
晶胞边长 c length_c	287.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	95.960 Å
R 因子 r_factor	0.1784
R_work r_work	0.1684
R_free r_free	0.2012

fit	/app/data/saxs_computation/oe/9oer/9oer.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/9oer/9oer.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/9oer/9oer.dat