9oex

K-Ras G12V at 293 K

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oex
沉积日期 deposition_date	2025-04-29
最后修订 last_revision	2026-05-20
结构标题 title	K-Ras G12V at 293 K
关键词 keywords	GTPase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.54 Å
零角强度 I(0) i0	28606300.00
分子量 molecular_weight	39465.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48775 Å³
包络体积 envelope_volume	59193 Å³
水化壳体积 shell_volume	22966 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.21 Å
包络 Rg envelope_rg	21.78 Å
形状 Rg shape_rg	21.53 Å
总 Rg total_rg	22.38 Å
总原子数 total_atoms	2764
残基数 n_residues	338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7634
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.146
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5911000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.655; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2B of GTPase KRas
分子量 formula_weight	19313.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	G12V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2880

MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.757 Å
晶胞边长 b length_b	42.530 Å
晶胞边长 c length_c	116.353 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	37.430 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2022
R_free r_free	0.2208

fit	/app/data/saxs_computation/oe/9oex/9oex.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/9oex/9oex.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/9oex/9oex.dat

K-Ras G12V at 293 K

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction