9of3

Structure of the Acinetobacter baumannii Response Regulator PmrA Receiver Domain D10N mutation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9of3
沉积日期 deposition_date	2025-04-29
结构标题 title	Structure of the Acinetobacter baumannii Response Regulator PmrA Receiver Domain D10N mutation
关键词 keywords	Response regulator Two component system Polymyxin resistance Resistant mutant, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.81 Å
零角强度 I(0) i0	169671000.00
分子量 molecular_weight	108140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137250 Å³
包络体积 envelope_volume	186350 Å³
水化壳体积 shell_volume	44384 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.77 Å
包络 Rg envelope_rg	33.64 Å
形状 Rg shape_rg	34.77 Å
总 Rg total_rg	35.48 Å
总原子数 total_atoms	15417
残基数 n_residues	949
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9015
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.139
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	PmrA
分子量 formula_weight	14423.7 kDa
突变 mutation	D10N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	15431

GSHMTKILMIEDNFMIAESTITLLQYHQFEVEWVNNGLDGLAQLAKTKFDLILLDLGLPMMDGMQVLKQIRQRAATPVLIISARDQLQNRVDGLNLGADDYLIKPYEFDELLARIHALLRRSGVEAQ

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.742 Å
晶胞边长 b length_b	109.742 Å
晶胞边长 c length_c	214.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.670 Å
最低分辨率 resolution_low	48.840 Å
R 因子 r_factor	0.2271
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2745

fit	/app/data/saxs_computation/of/9of3/9of3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/of/9of3/9of3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/of/9of3/9of3.dat

Structure of the Acinetobacter baumannii Response Regulator PmrA Receiver Domain D10N mutation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction