9oi0

Crystal structure of CD1b presenting ganglioside GD3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oi0
沉积日期 deposition_date	2025-05-05
结构标题 title	Crystal structure of CD1b presenting ganglioside GD3
关键词 keywords	CD1b, antigen presentation, adaptive immunity, lipid, GD3, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.81 Å
零角强度 I(0) i0	66249300.00
分子量 molecular_weight	42920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41561 Å³
包络体积 envelope_volume	70013 Å³
水化壳体积 shell_volume	24758 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.57 Å
包络 Rg envelope_rg	23.89 Å
形状 Rg shape_rg	23.72 Å
总 Rg total_rg	24.55 Å
总原子数 total_atoms	3218
残基数 n_residues	380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9118
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7249000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.974

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD1b
分子量 formula_weight	30963.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3590

FQGPTSFHVIQTSSFTNSTWAQTQGSGWLDDLQIHGWDSDSGTAIFLKPWSKGNFSDKEVAELEEIFRVYIFGFAREVQDFAGDFQMKYPFEIQGIAGCELHSGGAIVSFLRGALGGLDFLSVKNASCVPSPEGGSRAQKFCALIIQYQGIMETVRILLYETCPRYLLGVLNAGKADLQRQVKPEAWLSSGPSPGPGRLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGEQEQQGTQLGDILPNANWTWYLRATLDVADGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIILYWRGSGLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11843.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PKIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1203.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	N-{(2S,3R,4E)-1-[(4-O-beta-D-galactopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]-3-hydroxyoctadec-4-en-2-yl}octadecanamide
分子量 formula_weight	890.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	tetracosyl octadecanoate
分子量 formula_weight	621.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	306

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.566 Å
晶胞边长 b length_b	77.849 Å
晶胞边长 c length_c	92.123 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	46.290 Å
R 因子 r_factor	0.2133
R_work r_work	0.2107
R_free r_free	0.2655

fit	/app/data/saxs_computation/oi/9oi0/9oi0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oi/9oi0/9oi0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oi/9oi0/9oi0.dat

Crystal structure of CD1b presenting ganglioside GD3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)