SAXSdb — 9oin

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oin
沉积日期 deposition_date	2025-05-06
结构标题 title	The von Hippel Lindau-ElonginB-ElonginC (VCB) complex with fragment 13
关键词 keywords	VHL, E3 ligase, Fragment-based drug discovery, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.90 Å
零角强度 I(0) i0	627702000.00
分子量 molecular_weight	137010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132740 Å³
包络体积 envelope_volume	272750 Å³
水化壳体积 shell_volume	55690 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.07 Å
包络 Rg envelope_rg	38.99 Å
形状 Rg shape_rg	40.90 Å
总 Rg total_rg	41.16 Å
总原子数 total_atoms	10353
残基数 n_residues	1324
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	627800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8817
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.067
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.408
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.773

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11852.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	10381

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	11135.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
分子量 formula_weight	20833.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	11031.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H,K

MGMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-(propan-2-yl)-4-[(pyridin-2-yl)methyl]piperazine
分子量 formula_weight	219.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.044 Å
晶胞边长 b length_b	94.044 Å
晶胞边长 c length_c	363.683 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	49.080 Å
R 因子 r_factor	0.2353
R_work r_work	0.2328
R_free r_free	0.2827

fit	/app/data/saxs_computation/oi/9oin/9oin.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oi/9oin/9oin.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oi/9oin/9oin.dat

The von Hippel Lindau-ElonginB-ElonginC (VCB) complex with fragment 13

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

来源 Source

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)