9oj4

Mouse LRRC15 extracellular domain in complex with disulfide constrained peptide ML-YSD-07 and Fab-E1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oj4
沉积日期 deposition_date	2025-05-07
最后修订 last_revision	2026-05-13
结构标题 title	Mouse LRRC15 extracellular domain in complex with disulfide constrained peptide ML-YSD-07 and Fab-E1
关键词 keywords	Leucine-rich repeat, disulfide constrained peptide, Fab, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-Immune System complex; SIGNALING PROTEIN/Immune System
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.90 Å
零角强度 I(0) i0	157394000.00
分子量 molecular_weight	101930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127270 Å³
包络体积 envelope_volume	176690 Å³
水化壳体积 shell_volume	35671 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.87 Å
包络 Rg envelope_rg	45.34 Å
形状 Rg shape_rg	45.84 Å
总 Rg total_rg	46.01 Å
总原子数 total_atoms	7178
残基数 n_residues	920
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	157300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7124
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.550
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9412000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.573; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.290; Smooth: 0.248

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab-E1 light chain
分子量 formula_weight	23336.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7370

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQHYTTPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab-E1 heavy chain
分子量 formula_weight	24433.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNLYYSSMHWVRQAPGKGLEWVASIYPYYSYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARYWYYYQSGYSAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat-containing protein 15
分子量 formula_weight	51293.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

YYGCPSECTCSRASQVECTGAQIVAMPSPLPWNAMSLQILNTHITELPEDKFLNISALIALKMEKNELANIMPGAFRNLGSLRHLSLANNKLKNLPVRLFQDVNNLETLLLSNNQLVQIQPAQFSQFSNLKELQLYGNNLEYIPEGVFDHLVGLTKLNLGNNGFTHLSPRVFQHLGNLQVLRLYENRLSDIPMGTFDALGNLQELALQENQIGTLSPGLFHNNRNLQRLYLSNNHISHLPPGIFMQLPHLNKLTLFGNSLKELSPGVFGPMPNLRELWLYNNHITSLPDNAFSHLNQLQVLILSHNQLSYISPGAFNGLTNLRELSLHTNALQDLDGNVFRSLANLRNVSLQNNRLRQLPGSIFANVNGLMTIQLQNNNLENLPLGIFDHLGNLSELRLYDNPWRCDSNILPLHDWLILNRARLGTDTLPVCSSPASVRGQSLVIINVNFPGPSEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	ML-YSD-07
分子量 formula_weight	3540.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GCDRYWWEWECRYDTDCLAGCVCTWGVTCG

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	209.140 Å
晶胞边长 b length_b	66.601 Å
晶胞边长 c length_c	92.532 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	36.910 Å
R 因子 r_factor	0.1894
R_work r_work	0.1868
R_free r_free	0.2422

fit	/app/data/saxs_computation/oj/9oj4/9oj4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oj/9oj4/9oj4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oj/9oj4/9oj4.dat

Mouse LRRC15 extracellular domain in complex with disulfide constrained peptide ML-YSD-07 and Fab-E1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)